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jumboDB:大k的De Bruijn图构造
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2021-05-26
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用于构建De Bruijn图的JumboDB工具 版本:1.0.1 这是jumboDB工具,可用于从很长的序列(读数或基因组)中以极低的错误率快速构建de Bruijn图。 JumboDB本身不是一个基因组组装程序,而是一个子例程,该例程将一组读取结果转换为压缩的de Bruijn图。 JumboDB是正在开发中的LJA(拉荷亚组装程序)基因组组装程序的一部分,专为HiFi读取组装而设计。 jumboDB的独特之处在于它可以为任何k值构造de Bruijn图。 而且,增加k不会导致时间和空间需求的显着增加。 时间和空间性能主要取决于生成的图形的大小(核苷酸中所有边的总长度)。 请注意,jumboDB会丢弃所有少于k + w的读取(请参见)。 JumboDB使用多种已知技术的组合,例如,bloom过滤器,稀疏的Bruijn图和滚动哈希。 JumboDB从HiFi数据集构建人类基因组的d
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jumboDB-main.zip (41个子文件)
jumboDB-main
manual.md 4KB
_config.yml 26B
LICENSE 2KB
src
tools
sequences
stream.hpp 7KB
nucl.hpp 3KB
contigs.hpp 6KB
verify.hpp 1KB
sequence.hpp 11KB
seqio.hpp 8KB
IntrusiveRefCntPtr.h 9KB
CMakeLists.txt 211B
contigs.cpp 111B
common
string_utils.hpp 2KB
cl_parser.hpp 2KB
simple_computation.hpp 795B
bloom_filter.hpp 21KB
zip_utils.hpp 925B
oneline_utils.hpp 1KB
output_utils.hpp 941B
CMakeLists.txt 217B
omp_utils.hpp 10KB
logging.hpp 6KB
dir_utils.hpp 753B
cl_parser.cpp 3KB
CMakeLists.txt 53B
projects
dbg
dbg_construction.hpp 8KB
dbg_disjointigs.hpp 11KB
rolling_hash.hpp 6KB
dbg.cpp 17KB
hash_utils.hpp 2KB
sparse_dbg.hpp 79KB
compact_path.hpp 16KB
CMakeLists.txt 149B
sparse_simplification.hpp 2KB
initial_correction.hpp 24KB
minimizer_selection.hpp 2KB
CMakeLists.txt 23B
.gitignore 140B
test_data
reads.fasta 223B
CMakeLists.txt 1018B
README.md 2KB
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Dilwanga
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