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cbgb:彩色de Bruijn图形生成器
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2021-02-14
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cbgb 彩色de Bruijn图形生成器(以及其他更新图形边缘的方法) 这是在小型基因组de Bruin图装配体上试验图算法的参考实现。 无意支持简洁的数据结构。 from cbgb . omfug import lnec from cbgb import CdB , kmerise seq = "pointy bird \ o pointy-pointy \ anoint my eyes \ anointy-nointy" def join_walk ( walk ): return '' . join ( map ( lambda c : c [ - 1 :], walk )) for k in range ( 4 , 10 ): g = CdB ( kmerise ( seq , k = k ) start = seq [: k - 1 ] w
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cbgb-master
.gitignore 1KB
README.md 2KB
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pointybandage.png 74KB
enumerate_cycles.ipynb 4KB
cbgb.jpg 20KB
mergedbird.png 31KB
LICENSE 1KB
graph_tests.py 2KB
structured_tests.py 928B
cbgb
omfug.py 1KB
graph.py 7KB
__init__.py 153B
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