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minia:Minia是基于de Bruijn图的短读汇编器
共63个文件
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2021-05-07
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米妮亚 在继续之前。 如果您要进行高质量的基因组或元基因组装配,请转到此处: : 这是基于Minia构建的管道,该管道与metaSpades和MEGAHIT(多k组件)。 介绍 Minia是基于de Bruijn图的短读汇编器,能够在一天之内在台式计算机上组装人类基因组。 Minia的输出是一组重叠群。 早在发布时,Minia产生的结果与其他de Bruijn汇编程序(例如Velvet)具有相似的连续性和准确性。 现在(2015年以后),基因组组装者已经进化,为了具有高度连续性,请参见上一节。 获取最新的源代码 指示 建议在此处使用下载最新的二进制发行版(Linux或OSX): : 否则,Minia可能会从以下来源进行编译: # get a local copy of minia source code git clone --recursive https://github.
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minia-master.zip (63个子文件)
minia-master
.gitmodules 109B
merci
merci.cpp 24KB
test-simple
assembly.fa 162B
reads.fa 119B
run-test-simple.sh 241B
run-test-loop.sh 108B
test-loop
assembly.fa 289B
reads.fa 204B
test
bubble.solution.fa 668B
simple_test.sh 1KB
bubble_covmult0.5.fa 1KB
read50x_ref10K_e001.fa 843KB
1seq_90bp_circ.fa 238B
tip.solution.fa 672B
tip.fa 765B
X.solution.fa 139B
compare_fasta.py 1KB
ERR039477.md5-gcc47 33B
ERR039477.md5 137B
bubble.fa 998B
1seq_90bp.fa 97B
buchnera_test.sh 284B
1seq_90bp.reads.fq 2KB
genome10K.fasta 10KB
README 212B
X.fa 139B
10k_test.sh 539B
1seq.fa 37B
buchnera.fasta 636KB
test_ERR039477.sh 3KB
buchnera_simulate_reads.sh 181B
ec.solution.fa 1KB
1seq_90bp_simulate_reads.sh 201B
ec.fa 6KB
high_abundance.fa 36KB
LICENSE 34KB
src
build_info.hpp.in 1KB
Minia.cpp 15KB
main.cpp 2KB
Minia.hpp 2KB
GraphSimplificationAttempts.cpp 22KB
INSTALL 517B
thirdparty
contig2fastg
contigs_to_fastg.cpp 5KB
kseq.h 9KB
makefile 59B
gatb-core
doc
paper.pdf 707KB
manual.tex 9KB
manual.pdf 155KB
CMakeLists.txt 466B
.gitignore 7B
CMakeLists.txt 5KB
README.md 3KB
scripts
jenkins
tool-minia-build-macos-10.9.5-gcc-4.2.1.sh 4KB
tool-minia-release-debian.sh 4KB
README 222B
tool-minia-build-debian7-64bits-gcc-4.7.sh 4KB
max_mem_usage_from_log.py 263B
debug_1seq_tip_removal.py 1KB
strip_bcalm_links.py 263B
convertToGFA.py 5KB
ilots_stats.py 823B
duplicate_sequences_according_abundance.py 299B
filter_by_previous_contigs.cpp 5KB
共 63 条
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按剑四顾
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