结构变异

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结构变异

: svim:长读的结构变异识别方法它能够检测和分类以下六类结构变异：缺失，插入，倒位，串联重复，散布重复和易位。 SVIM还估计缺失，插入，倒位和穿插重复的基因型。与其他方法不同，SVIM整合了来自整个基因组的信息，以精确区分相似事件，例如...
评级：0 浏览量：287 收藏量：0 资源大小：191KB 上传时间：2021-05-15

: svtyper:贝叶斯基因分型仪用于结构变异 SVTyper 贝叶斯基因分型仪用于结构变异概述SVTyper使用全基因组测序数据执行结构变异（SV）的断点基因分型。用户必须提供基因型位点的VCF文件（可能由生成），以及与对齐的Illumina配对末端读段的BAM / CRAM文件。 ...
评级：0 浏览量：356 收藏量：1 资源大小：1.16MB 上传时间：2021-05-07

: svaba:通过局部组装进行结构变异和插入缺失检测 SvABA-通过装配进行结构变异和插入缺失分析 [此项目以前是“雪人”] 许可证：目录查看所有ASCII对齐方式查看重叠群比对的特定重叠群使函数对重叠群进行排序和索引归因安装我们建议使用GCC-4.8或更高版本...
评级：0 浏览量：241 收藏量：0 资源大小：1.29MB 上传时间：2021-05-06

: GenotypeBreakpoints:结构变异的基因型断点 CLOVE：将基因组融合分为结构变异事件Clove是一个程序，用于对序列数据结构变异检测算法的输出进行后处理。丁香扫描一组或多组融合调用的输出，以寻找复杂变异（例如平衡易位）的模式，并概括出融合调用。丁香还...
评级：0 浏览量：168 收藏量：0 资源大小：1.3MB 上传时间：2021-05-18

: 论文研究-基于聚类算法的结构变异及其形成机制识别.pdf 在人类基因组上存在着涉及到不同序列长度的结构变异，这些结构变异对癌症的发生和发展产生了显著的影响。随着新一代测序技术的发展以及测序成本的降低使得在全基因组水平研究结构变异变得可能，基于聚类算法对千人...
评级：0 浏览量：113 收藏量：1 资源大小：2.11MB 上传时间：2019-07-22

: smoove:使用现有工具进行结构变异调用和基因分型，但是很顺利变态 smoove简化并加快了短读的调用和基因分型SV。它还通过消除许多指示低电平噪声的杂散对准信号来改善特异性，这些杂散对准信号通常会导致杂散呼叫。有描述博客，帖子smoove详细它既可以在单个命令中支持小型...
评级：0 浏览量：301 收藏量：0 资源大小：2.4MB 上传时间：2021-04-30

: SOAPsv:SOAPsv：是用于检测结构变异的程序-开源这是对以前的方法进行补充的方法，用于可靠的纯合子结构变异鉴定。我们的方法基于Illumina Genome Analyzer测序数据的从头组装，相对于参考基因组准确地确定了基因型和断裂点。在这种方法中，我们仅检查了纯合的...
评级：0 浏览量：81 收藏量：0 资源大小：6.02MB 上传时间：2021-04-29

: 论文研究-面向下一代测序技术的结构变异检测算法综述.pdf 检测基因组中的结构变异对遗传学研究具有重要意义，基于测序技术的结构变异检测将成为主流发展方向。全面总结了现有面向下一代测序技术的结构变异检测算法：配对末端匹配法、读深度法、分裂读数据法和序列拼接法，...
评级：0 浏览量：117 收藏量：1 资源大小：813KB 上传时间：2019-07-22

: breakdancer-SV结构变异 breakdancer-SV结构变异用来进行结构变异的分析，再linux系统中
评级：0 浏览量：568 收藏量：0 资源大小：43KB 上传时间：2018-12-14

: SVDB:结构变异数据库软件 SVDB SVDB 是一个用于构建和查询结构变体数据库的工具包。数据库是使用来自结构变体调用程序（如 TIDDIT、Manta、Fermikit 或 Delly）的输出 vcf 文件构建的。 SVDB 还可用于合并来自多个调用者或个人的 SV vcf ...
评级：0 浏览量：244 收藏量：1 资源大小：27KB 上传时间：2021-05-29

: 基因组高通量测序数据结构变异识别算法.pdf #资源达人分享计划#
评级：5 浏览量：165 收藏量：1 资源大小：953KB 上传时间：2021-08-07

: 地下开采扰动条件下露天矿边坡岩体结构变异与失稳模式分析应用开采"三带"理论分析了地下开采扰动区域分布及其与边坡的相对位置关系,指出了边坡岩体各部位结构变异特征及主要失稳模式:垮落带区域边坡岩体完整性差,碎裂严重,易发生局部塌陷破坏及块体倾倒破坏;断裂带区域边坡...
评级：0 浏览量：125 收藏量：0 资源大小：941KB 上传时间：2020-07-19

: 结构变异检测和关联测试-Linux开发第二个程序whamg更准确，更适合于一般结构whamk套件由wham和whamg两个程序组成。原始工具wham是一种非常敏感的方法，具有很高的错误发现率。第二个程序whamg更准确，更适合于一般结构变体（SV）发现。对于大多数...
评级：0 浏览量：69 收藏量：0 资源大小：11.49MB 上传时间：2021-05-27

: 五染色体结构变异PPT教案.pptx 五染色体结构变异PPT教案.pptx
评级：0 浏览量：41 收藏量：0 资源大小：2.66MB 上传时间：2021-10-03

: 基于PEM的基因组结构变异检测方法 (2013年) 结构变异普遍存在于人类基因组中，与人类的健康和疾病息息相关，目前基因组结构变异检测方法层出不穷，其中基于双末端映射的检测方法发展尤为迅速．本文将这类主流的检测方法加以分类并进行了详细论述与分析，对更...
评级：0 浏览量：40 收藏量：0 资源大小：395KB 上传时间：2021-05-12

: TensorSV：基于Tensor的结构变异分析基于矩的SV调用和基因分型版权所有（C）2020-2021 Timothy James Becker T. Becker and D.G. Shin, " TensorSV: structural variation inference using tensors and variable topology neural networks " , ...
评级：0 浏览量：92 收藏量：0 资源大小：27.84MB 上传时间：2021-02-10

: janda:结构变异检测器-开源 Janda是检测全基因组DNA序列数据中结构变异的工具。它使用异常映射的对读和重新排列潜在的结读来识别结构变体（缺失，重复，易位和倒位）。
评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：197KB 上传时间：2021-04-28

: SVanalyzer:分析基因组结构变异的工具 SVanalyzer工具需要samtools（），edlib aligner（），MUMmer（）和bedtools （）执行其结构变体比较。使用conda安装可以使用conda软件包管理器和bioconda通道安装SVanalyzer。有关设置conda / bioconda的...
评级：0 浏览量：263 收藏量：2 资源大小：714KB 上传时间：2021-05-05

: Chapulin：跳上了！下一代基因组移动元件和结构变异识别工具 Chapulin ：下一代基因组移动元件和结构变异识别工具目录概述因此， Chapulin提供两种不同的扫描模式：移动元素识别（ME）： 结构变异识别（SV）： Chapulin还提供了第三种模式，即缓存注册（CR），用于写入...
评级：0 浏览量：81 收藏量：0 资源大小：97KB 上传时间：2021-02-13

: squid:SQUID从RNA-seq数据中检测融合基因和非融合基因的结构变异 {：height =“ 50％” width =“ 50％”}概述SQUID旨在检测RNA-seq比对中融合基因和非融合基因的转录组结构变异。 SQUID论文发表在。要重现将SQUID应用于模拟数据和先前研究的细胞系的结果，请遵循的说明安装预编译...
评级：0 浏览量：103 收藏量：0 资源大小：154KB 上传时间：2021-05-07

: pipeline-structural-variation:牛津大学纳米Kong数据测序全基因组结构变异的研究管道管道结构变化概述pipeline-structural-variation是用于调用从牛津纳米Kong测序平台获得的全基因组测序数据的结构变异的管道。它接受FASTQ文件，并输出对齐的读取和已过滤的SV调用。特征管道执行以下步骤：地图使用...
评级：0 浏览量：96 收藏量：0 资源大小：6.25MB 上传时间：2021-05-04

: Palimpsest:一个R包，用于研究癌症克隆进化过程中的突变特征和结构变异特征该软件包包括用于提取单碱基取代（SBS），双碱基取代（DBS）和插入缺失突变签名以及结构变异（SV）签名的多种功能。 Palimpsest估计每个突变归因于每个签名的概率，这使得可以计算每个变更的克隆性，并可以预测每个...
评级：0 浏览量：204 收藏量：1 资源大小：23.06MB 上传时间：2021-05-07

: 油菜A9染色体的标记、基因和结构变异 油菜A9染色体的标记、基因和结构变异，刘忠松，王卓，油菜A9染色体是A基因组最长的一条染色体，控制着许多重要性状。本文确定了A9染色体上252个DNA标记、180个BACs和150多个拟南芥同源基因的
评级：0 浏览量：64 收藏量：0 资源大小：859KB 上传时间：2020-01-03

: SV2:机器学习的基因型结构变异-开源用户指南：https://github.com/dantaki/SV2/wiki
评级：0 浏览量：78 收藏量：0 资源大小：4.95MB 上传时间：2021-06-28

: samplot:绘制来自许多BAM和CRAM的结构变异信号 samplot是用于快速，多样本结构变体可视化的命令行工具。 samplot SV坐标和bam文件，并生成高质量的图像，突出显示samplot SV的所有对齐和深度信号。用法样本图optional arguments: -h, --help show this help ...
评级：0 浏览量：211 收藏量：0 资源大小：84.21MB 上传时间：2021-04-30

: 基于第三代测序数据的基因组结构变异检测方法研究（git）1 摘要随着测序技术的不断成熟和广泛应用，以测序技术为驱动的基因组、转录组等多组学的研究得到了跨越式发展，推动了基因组科学、遗传学、临床医学等多学科的变革。基因组变
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: LEVIATHAN:具有条形码索引的基于链接读取的结构变异调用者 LEVIATHAN（带有条形码索引的基于链接读取的结构变体调用程序）是用于链接读取数据的结构变体调用方法。 LEVIATHAN将BAM文件作为输入，该文件可以由链接读取专用映射器（例如Long Ranger）生成，也可以由任何其他...
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: SVclone:一种从全基因组测序数据推断肿瘤结构变异的癌细胞分数的计算方法该包用于聚类相似癌细胞部分 (CCF) 的结构变体。 SVclone 分为五个组件：annotate、count、filter、cluster 和 post-assign。注释步骤推断每个断点的方向性（如果未提供），将断点位置重新校准到软剪辑边界，然后...
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: SOS-FERT_SV_analysis:所选小鼠品系中的结构变异分析 SOS-FERT_SV_analysis 6个小鼠系（每行25个样本）对60个样本（50 + 10个重复序列）进行的初始SV测试运行，基因组覆盖率约为20倍 SV与Manta联合呼吁每条线路去做：检查两个高生育力线是否出现相同的SV模式
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: sv-benchmark:基于PacBio CCS HG002数据的长期阅读的结构变异调用者的公开基准结构变体调用基准该基准基于Ashkenazim儿子HG002 / NA24385的PacBio CCS 15kb公开数据集。我们提供每个步骤，说明如何使用公开可用的工具重现最终指标。如果发现错误或想要添加工具，请告诉我们。比较 28倍覆盖...
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: cpp-Wham直接把联想测试应用到BAM文件的基因结构变异 Wham：直接把联想测试应用到BAM文件的基因结构变异
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: 104变异系数法1 104变异系数法（1）基本原理变异系数法是基于方差分析的思想,从大量指标中分析得到少数几个主要指标，且这些指标能最大程度地反应原始数据的信息，从而达到简化数据和
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: delly:DELLY2 Delly是一种集成的结构变异（SV）预测方法，可以在短时间读取的大规模并行测序数据中以单核苷酸分辨率发现，基因分型和可视化缺失，串联重复，倒位和易位。它使用配对末端，拆分阅读和阅读深度来灵敏准确地描绘...
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: 基于关联与回溯的产品变异设计过程重用方法 (2010年) 对设计系统的模块进行精细化和抽象化，建立具有规范化数据接口的产品结构变异设计的信息模型，用状态空问的带权有序检索树存储变异设计过程；将变异设计语义添加至可移植结构，当发生分割、合并和变换的变异设计行为...
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: 这将有助于更好地了解多重 PCR 的过程，并将允许检测可导致严重遗传性疾病的结构变异。-源聚合酶链React 基于靶向 NGS 数据分析的高度多重 PCR 模拟
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: gatk-sv 用于Illumina短读全基因组测序（WGS）数据的结构变异发现管道。目录原始呼叫者和证据收集批量质量控制 -gCNV模型创建批量证据合并，BAF生成和深度调用者网站集群网站指标过滤跨批次站点合并基因分型基因型...
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: paragraph:用于结构变体的图形重新对齐工具本段旨在通过提供具有短读数据的结构变异的准确基因分型器来促进这一点。请使用以下内容引用本段： Chen，et al（2019）。 bioRxiv 。土井： https : //doi.org/10.1101/635011 本文的基因分型数据可在paper-data...
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: 基于拓扑结构与粒子变异改进的粒子群优化算法为使粒子群优化算法(PSO)优化过程的多样性与收敛性得到合理解决,以提高算法优化性能,基于种群拓扑结构与粒子变异提出两种粒子群改进算法RSMPSO和RVMPSO.改进算法将具有信息定向流动的闭环拓扑结构与星型拓扑结构或...
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: GeneBreak:GeneBreak R包拷贝数畸变（CNA）的断点指示潜在的DNA断裂，从而指示结构变异中涉及的区域。大拷贝数数据队列的可用性使得能够鉴定经常受到结构变异影响的基因。该软件包可让您系统地识别与CNA相关的复发性断点基因。实现了断点...
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: 地下水变异环境下土细观结构演化的SEM测试分析 (2008年) 城市建设使地下水因扰动而“变异”,水土相互作用引起组份变异并...试验表明,不同环境下的水土作用引起的结构变异是存在的,且土结构变异的效果、程度随水环境不同而有所差异,尤其在极限水环境下变异比较剧烈。扫描电镜
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: F1变异模拟：在不同的遗传结构和选择参数下模拟F1变异 F1变体模拟该项目使用Admixem在各种遗传结构和选择参数下模拟F1杂种，并将变异系数与亲本物种的变异系数进行比较。有关安装和运行Admixem的说明，请参见：：//github.com/melop/admixem。接下来，决策树（）用于...
评级：0 浏览量：52 收藏量：0 资源大小：17KB 上传时间：2021-02-11

: Ribbon:一个基因组浏览器，可以更好地显示长读长和复杂的变异丝带 ... Ribbon 是一种交互式网络可视化工具，用于查看短/长读数或组装的重叠群与任何参考基因组的基因组比对。 ... 本地部署如果需要在本地部署 Ribbon，步骤如下： ... 这就是 Ribbon 的整个安装过程。...
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: 面向产品结构移植变异的拓扑搭接技术 (2010年) 为了满足产品设计中零件拓扑结构的快速变异要求，提出产品结构移植变异的设计方法。根据变异设计需要，定义零件基结构、零件变异基结构、移植结构以及搭接面等概念；根据搭接面的类型，将移植结构的拓扑搭接分为平面...
评级：0 浏览量：17 收藏量：0 资源大小：570KB 上传时间：2021-05-24

: 论文研究 - 蝶窦和邻近结构的解剖变异：在西非贝宁的CNHU-HKM进行的225次颅骨CT扫描研究目的：本研究旨在描述蝶窦和邻近结构的解剖学变异。方法：回顾性和描述性研究于11月1日至12月31日在贝宁科托努的国立和大学教学医院Hubert Koutoukou Maga（CNHU-HKM）进行。对年龄至少16岁的受试者进行了CT扫描...
评级：0 浏览量：139 收藏量：0 资源大小：448KB 上传时间：2020-05-25

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