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SVanalyzer:分析基因组结构变异的工具
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2021-05-05
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SVanalyzer模块/脚本 就像小插入和删除一样,在序列上的相似性大插入和删除的边界可以做出精确的说明边界和等位基因序列含糊不清。 SVanalyzer由《癌症》杂志的资深科学家Nancy Fisher Hansen撰写NHGRI的遗传学和比较基因组学分支( CGCG )是该学院的研究所。 国立卫生研究院。 可以通过[email protected]与Nancy联系。 软件依赖项 SVanalyzer工具需要samtools( ),edlib aligner( ),MUMmer( )和bedtools ( )执行其结构变体比较。 使用conda安装 可以使用conda软件包管理器和bioconda通道安装SVanalyzer。 有关设置conda / bioconda的详细信息,请参见 。 conda create -n svanalyzer conda activa
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SVanalyzer-master.zip (74个子文件)
SVanalyzer-master
.gitignore 270B
t
benchmark.test.vcf 252KB
regions.bed 681B
refined.homref.bed 978B
hs37d5_1start.fa.fai 18B
1_load.t 1KB
refine.qdelta 2KB
utg7180000002239.fa 236KB
minreadtest.vcf 8KB
hs37d5_small.fa.fai 21B
widen.vcf 67KB
merge.vcf 10KB
refined.nocov.bed 274B
hs37d5_1start.fa 1.45MB
minreadtruth.vcf 8KB
utg7180000002239.fa.fai 33B
merged2.vcf 12KB
2_call.t 7KB
merged1.vcf 10KB
second.vcf 1KB
merge.fof 28B
benchmark.truth.vcf 83KB
mergens.vcf 10KB
first.vcf 1KB
test
nucmer.prefix.delta 336B
alt.fasta 20KB
nucmer.prefix.mgaps 1021B
run_mummer.prefix.sh 163B
nucmer.prefix.coords 480B
nucmer.prefix.ntref 20KB
nucmer.prefix.qdelta 336B
ref.fasta 20KB
nucmer.prefix.out 0B
nucmer.prefix.err 924B
META.yml 892B
Build.PL 2KB
LICENSE 1022B
README.textile 2KB
scripts
SVrefine 43KB
SVmerge 31KB
SVcomp 7KB
SVbenchmark 26KB
svanalyzer 409B
misc
vcffilter.pl 5KB
delta2bed.pl 6KB
mummer2vcf_SVs.pl 21KB
delta2sam.pl 9KB
SVfindmatches.pl 5KB
SVbackgenotype.pl 16KB
vcf2tdf.pl 6KB
SVwiden 19KB
SVplotaligns 17KB
META.json 1KB
INSTALL 890B
lib
NHGRI
SVanalyzer
Align2SV.pm 8KB
Comp.pm 25KB
MiniMap2
AlignSet.pm 21KB
MUMmer
AlignSet.pm 36KB
GTB
FASTA.pm 14KB
Var
Polymorphism.pm 38KB
File.pm 9KB
NISC
Sequencing
Date.pm 29KB
MANIFEST.SKIP 96B
docs
svbenchmark.rst 3KB
Makefile 7KB
svmerge.rst 3KB
index.rst 2KB
conf.py 9KB
make.bat 7KB
svwiden.rst 1KB
svcomp.rst 1KB
faq.rst 642B
svrefine.rst 2KB
MANIFEST 668B
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