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CompareM:比较基因组学的工具箱
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2021-05-04
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比较M 不支持:不幸的是,我不再有时间继续支持CompareM。 作为Kostas实验室的可能会满足您的需求。 注意:CompareM存在一个已知问题,当在某些Linux系统上运行时,可能导致没有识别同系物。 这与“ sort”的不同实现有关。 Titus·布朗有提出一个是解决了这个从Mac OS X中的AAI计算器是一个替代的解决方案。 CompareM是一个软件工具包,支持执行大规模的比较基因组分析。 它提供了各组基因组(例如氨基酸同一性)和各个基因组(例如密码子使用情况)的统计信息。 为计算密集型任务提供了并行实现,以允许扩展到数千个基因组。 通用工作流是作为单一方法提供的,以支持用户轻松采用,并提供了更为细化的界面,以允许有经验的用户利用特定功能。 CompareM是开源的,并根据GNU通用公共许可证(版本3)发布。 比较基因组统计: 基因组之间的平均氨基酸同一性(AAI
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CompareM-master.zip (24个子文件)
CompareM-master
users_guide.pdf 334KB
scripts
core_3.py 1KB
createMatrix.py 4KB
LICENSE 34KB
setup.py 722B
README.md 7KB
comparem
hierarchical_clustering.py 7KB
lgt_codon.py 8KB
lgt_dinucleotide.py 14KB
VERSION 410B
aai_calculator.py 18KB
codon_usage.py 8KB
main.py 22KB
similarity_search.py 19KB
__init__.py 197B
plots
__init__.py 0B
heatmap.py 9KB
mpld3_plugins.py 11KB
classify.py 6KB
amino_acid_usage.py 6KB
PCoA.py 4KB
kmer_usage.py 5KB
.gitignore 675B
bin
comparem 28KB
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苏利福
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