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enrichM:MAG比较基因组学的工具箱
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2021-05-09
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EnrichM是一套用于大型元基因组组装基因组(MAG)的比较基因组学工具。 当前功能包括: MAG的基本注释管道。 使用KEGG模块作为参考来确定MAG编码的代谢途径的管道(尽管可以指定自定义途径) 用于识别在用户定义的基因组组之内和之间富集的基因或代谢途径的管道(组可以是功能上,系统发育上相关,可从不同环境中回收的基因组)。 从注释的人口基因组构建代谢网络。 从MAG,元基因组或转录组的功能组成构建随机森林机器学习模型。 应用这些随机森林机器学习模型对新的MAGs元基因组进行分类。 EnrichM正在积极开发中,因此无法保证master是稳定的。 建议通过pypi或conda下载EnrichM(请参见下文)。 安装 依存关系 EnrichM用python 3编写,需要> v3.6才能运行。 EnrichM需要以下非python依赖项: > = 3.1b == 0
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enrichM:MAG比较基因组学的工具箱 (197个子文件)
make.bat 791B
.buildinfo 230B
basic.css 12KB
alabaster.css 11KB
pygments.css 5KB
custom.css 42B
index.doctree 8KB
enrichm 22KB
enrichm 22KB
enrichm 21KB
GCF_001889405.1_ASM188940v1_subset.faa 3KB
GCF_001889405.1_ASM188940v1_subset.fna 8KB
GCF_000970025.1_protein.gff 740KB
GCF_000978945.1_protein.gff 683KB
GCF_000979185.1_protein.gff 672KB
GCF_000970265.1_protein.gff 670KB
GCF_000979025.1_protein.gff 669KB
GCF_000980075.1_protein.gff 667KB
GCF_000328665.1_protein.gff 497KB
GCF_001563245.1_protein.gff 354KB
GCF_000015765.1_protein.gff 340KB
GCF_000300255.2_protein.gff 308KB
index.html 4KB
search.html 3KB
genindex.html 2KB
objects.inv 245B
jquery-3.2.1.js 262KB
jquery.js 85KB
underscore-1.3.1.js 34KB
searchtools.js 16KB
underscore.js 12KB
language_data.js 11KB
doctools.js 9KB
searchindex.js 7KB
documentation_options.js 308B
annotate.log 4KB
enrichment.log 2KB
enrichment.log 2KB
Makefile 584B
test.md 8KB
README.md 6KB
GCF_000970025.1_protein.pickle 11.55MB
GCF_000978945.1_protein.pickle 10.85MB
GCF_000979025.1_protein.pickle 10.72MB
GCF_000970265.1_protein.pickle 10.69MB
GCF_000979185.1_protein.pickle 10.67MB
GCF_000980075.1_protein.pickle 10.61MB
GCF_000328665.1_protein.pickle 8.55MB
GCF_000015765.1_protein.pickle 6.27MB
GCF_001563245.1_protein.pickle 6.17MB
GCF_000300255.2_protein.pickle 5.63MB
rf_model.pickle 869KB
environment.pickle 11KB
labels_dict.pickle 37B
PKG-INFO 8KB
logo.png 18KB
file.png 286B
minus.png 90B
plus.png 90B
annotate.py 37KB
annotate.py 34KB
enrichment.py 29KB
enrichment.py 29KB
genome.py 21KB
genome.py 19KB
run.py 18KB
network_builder.py 17KB
run.py 16KB
parser.py 16KB
network_builder.py 16KB
parser.py 13KB
network_analyzer.py 12KB
module_description_parser.py 12KB
network_analyzer.py 11KB
generate.py 11KB
generate.py 11KB
module_description_parser.py 10KB
databases.py 10KB
databases.py 9KB
synteny_searcher.py 8KB
comparer.py 8KB
classifier.py 7KB
classifier.py 7KB
kegg_matrix.py 6KB
connect.py 6KB
metagenome_analyzer.py 6KB
test_enrichment.py 6KB
kegg_module_grabber.py 6KB
writer.py 6KB
test_network.py 6KB
data.py 6KB
test_test.py 6KB
traverse.py 5KB
uses.py 5KB
test_annotate.py 5KB
matrix_generator.py 4KB
classify_checks.py 4KB
parse_annotate.py 4KB
test_classify.py 4KB
data.py 4KB
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