MAGpy:Snakemake管道，用于注释由基因组组装的基因组（MAG）（发音为mag-pie）

重要的 请不要使用这个最初版本- 磁极 MAGpy是Snakemake管道，用于注释由基因组组装的基因组（MAG）（发音为mag-pie ） 注意MAGpy处于“ alpha”状态。 我们喜欢提前发布，并且经常发布。 MAGpy可在我们的系统上运行，并已在中使用，但我们不能保证它会在您的系统上运行。 目前，我们可能没有足够的资源来帮助您在系统上运行它，对不起，但是我们会尽力 MAGpy将FASTA文件的目录（扩展名为.fa）作为输入。 每个FASTA文件应包含重叠群组成A M etagenome-一个ssembled摹enome，或MAG。 MAGpy然后运行一系列软件工具，以帮助注释和表征这些基因组。 具体来说： 运行CheckM来表征基因组完整性和污染 Sourmash用于比较RefSeq和GenBank基因组的基因组 败家可用于预测蛋白质序列 Diamond用于针对UniProt