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biotoolbox:查询和分析基因组数据的工具
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2021-05-10
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名称 Bio :: ToolBox-用于查询和分析基因组数据的工具 描述 该软件包提供了许多用于处理常见生物信息数据的Perl模块和脚本。 许多生物信息学数据分析都围绕着处理信息表而进行,其中包括基因组注释列表(基因,启动子等)或定义的目标区域(表观遗传富集,转录因子结合位点等)。 该库可处理这些表,并提供一组用于处理它们的通用工具。 打开并保存常用制表符分隔的文本格式 支持BED,GFF,VCF,narrowPeak文件 使用微阵列或测序实验的数据集对间隔和注释进行评分,包括ChIPSeq,RNASeq等 支持Bam,BigWig,BigBed,wig和USeq数据格式 可与GTF,GFF3和各种UCSC格式的任何基因组注释一起使用,包括refFlat,knownGene,genePred和genePredExt格式 这些库提供了统一和集成的分析方法。 在许多情况下,它们在各种不同的专
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biotoolbox-master.zip (98个子文件)
biotoolbox-master
.gitignore 204B
CHANGES 84KB
t
06.BigBed-big.t 6KB
03.GeneTools.t 7KB
06.BigBed-UCSC.t 6KB
10.Wiggle.t 3KB
09.USeq.t 6KB
07.BigWig-big.t 4KB
05.Bam-Samtools.t 7KB
02.parser.t 33KB
Data
ensGene.txt 3KB
sequence.fa 411B
sample3
sample3_f.bw 34KB
sample3_r.bw 35KB
metadata.txt 118B
sample2.wib 60KB
sample2.gff3 9KB
ensemblToGeneName.txt 384B
chrI.gff3 22KB
sample1.bam 63KB
sample2.bw 26KB
biotoolbox.cfg 789B
sample1.bb 50KB
H3K27ac.bed 489B
sample.bed 144B
ensemblSource.txt 540B
ensGene.gtf 18KB
sample1.bam.bai 120B
ensGene.bed 2KB
H3K4me3.narrowPeak 387B
sample3.useq 5KB
08.BigWigSet-UCSC.t 5KB
04.DB.t 13KB
07.BigWig-UCSC.t 4KB
05.Bam-HTS.t 7KB
08.BigWigSet-big.t 5KB
01.Data.t 15KB
Build.PL 5KB
LICENSE 9KB
Docker
Dockerfile 2KB
ReadMe.md 1KB
scripts
ucsc_table2gff3.pl 24KB
manipulate_datasets.pl 102KB
db_setup.pl 7KB
get_datasets.pl 43KB
data2gff.pl 17KB
split_data_file.pl 10KB
pull_features.pl 18KB
get_intersecting_features.pl 21KB
manipulate_wig.pl 15KB
get_relative_data.pl 33KB
get_binned_data.pl 35KB
merge_datasets.pl 33KB
get_feature_info.pl 20KB
get_gene_regions.pl 39KB
data2fasta.pl 16KB
db_types.pl 4KB
bam2wig.pl 115KB
get_features.pl 35KB
data2wig.pl 32KB
data2bed.pl 18KB
correlate_position_data.pl 29KB
join_data_file.pl 6KB
README.md 4KB
lib
Bio
ToolBox
big_helper.pm 19KB
GeneTools.pm 50KB
parser
bed.pm 26KB
gff.pm 35KB
ucsc.pm 54KB
Data
Feature.pm 61KB
Stream.pm 25KB
core.pm 43KB
file.pm 55KB
Data.pm 68KB
db_helper
hts.pm 16KB
constants.pm 943B
bigbed.pm 13KB
seqfasta.pm 15KB
useq.pm 12KB
wiggle.pm 8KB
alignment_callbacks.pm 19KB
big.pm 36KB
bam.pm 17KB
config.pm 8KB
bigwig.pm 21KB
db_helper.pm 79KB
utility.pm 8KB
SeqFeature.pm 22KB
ToolBox.pm 9KB
MANIFEST.SKIP 1KB
docs
Libraries.md 5KB
MacOSNotes.md 3KB
ReadMe.md 1KB
FAQ.md 9KB
Scripts.md 7KB
AdvancedInstallation.md 17KB
README 2KB
MANIFEST 2KB
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吉莫吉鱼
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