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samplot:绘制来自许多BAM和CRAM的结构变异信号
共100个文件
png:42个
bam:13个
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2021-04-30
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samplot是用于快速,多样本结构变体可视化的命令行工具。 samplot SV坐标和bam文件,并生成高质量的图像,突出显示samplot SV的所有对齐和深度信号。 用法 样本图optional arguments: -h, --help show this help message and exit -n TITLES [TITLES ...], --titles TITLES [TITLES ...] Space-delimited list of plot titles. Use quote marks to include spaces (i.e. "plot 1" "plot 2") -r REFERENCE, --reference REFERENCE
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samplot:绘制来自许多BAM和CRAM的结构变异信号 (100个子文件)
NA12890_restricted.bam.bai 138KB
NA12878_restricted.bam.bai 138KB
NA12889_restricted.bam.bai 138KB
HG002_PacBio.bam.bai 115KB
HG003_Illumina.bam.bai 114KB
HG002_Illumina.bam.bai 114KB
HG004_Illumina.bam.bai 114KB
HG002_10X.bam.bai 114KB
nanopore-NA12878.bam.bai 105KB
2_59305747-59505747_X_151018513-151218513.BND.bam.bai 102KB
HG002_1_89475845-89478561_DEL.tenx.bam.bai 43KB
hg19_chr1_58343117_58343622_deletion.bam.bai 29KB
hg19_chr21_27373431_27375410_inversion.bam.bai 14KB
2_59305747-59505747_X_151018513-151218513.BND.bam 15.17MB
HG004_Illumina.bam 8.05MB
HG003_Illumina.bam 7.13MB
HG002_Illumina.bam 7.07MB
HG002_PacBio.bam 4.66MB
NA12878_restricted.bam 3.21MB
nanopore-NA12878.bam 3.2MB
NA12890_restricted.bam 2.61MB
NA12889_restricted.bam 2.14MB
HG002_10X.bam 2.12MB
HG002_1_89475845-89478561_DEL.tenx.bam 1.22MB
hg19_chr21_27373431_27375410_inversion.bam 633KB
hg19_chr1_58343117_58343622_deletion.bam 304KB
examples_padded.bed 170B
examples.bed 170B
HG002_ONT.cram.crai 135B
HG002_ONT.cram 6.1MB
.gitignore 1KB
Homo_sapiens.GRCh37.82.sort.2_X.gff3.gz 3.78MB
Alu.2_X.bed.gz 977KB
index.html 24KB
samplot_vcf.html 24KB
montage.jpg 1.13MB
LICENSE 1KB
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README.md 446B
README.md 423B
README.md 204B
INV_12_12544867_12546613.png 788KB
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DUP_11_67974431_67975639.png 655KB
DUP_4_99813786_99817098_zoom.png 649KB
12_12544868_12546613_INV_hg002.png 625KB
DEL_1_24804397_24807302.png 567KB
X_101055330_101067156.png 565KB
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4_99813787_99817098_DUP_hg002.png 563KB
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12_12544868_12546613_INV_trio.png 495KB
11_67974432_67975639_DUP_hg002.png 493KB
19_12694867_12698924_DEL_hg002.png 489KB
INV_12_12544867_12546613.png 448KB
1_24804398_24807302_DEL_hg002.png 427KB
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4_115928726_115931880.d100.png 396KB
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trio_DEL_1_24804397_24807302.png 371KB
DUP_4_99813786_99817098.png 349KB
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DEL_1_24804397_24807302.png 308KB
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DEL_19_12694866_12698924.png 264KB
longread_inv.png 249KB
longread_del.png 227KB
1_24804398_24807302_DEL_10X.png 216KB
1_43059290_43059950_NA_trio.png 208KB
1_43059290_43059950.png 203KB
longread_nanopore_dup.png 199KB
longread_nanopore_del.png 176KB
1_24804398_24807302_DEL_PacBio.png 163KB
1_24804398_24807302_DEL_zoom.png 147KB
1_24804398_24807302_DEL_ONT.png 135KB
samplot_logo_v5.png 6KB
samplot.py 107KB
samplot_test.py 52KB
samplot_vcf.py 28KB
setup.py 1KB
__main__.py 779B
__init__.py 44B
samplot_test.sh 14KB
commands.sh 2KB
subset_alignments.sh 2KB
setup.sh 1KB
test_site_cmds.sh 1KB
runtests.sh 151B
Alu.2_X.bed.gz.tbi 123KB
Homo_sapiens.GRCh37.82.sort.2_X.gff3.gz.tbi 21KB
requirements.txt 43B
test.vcf 8KB
config.yml 2KB
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