BamSeqChksumJava:Java 中 BAM 校验和的原型实现

BamSeqChksumJava 该项目包含 Java 中 BAM 校验和的原型实现。 汇编 make 文件可用于从 Java 源文件创建 JAR 文件。 这需要一个JDK。 跑步 该程序可以使用 java -jar BamSeqChksum.jar < in.bam 它从标准输入通道读取输入 BAM 文件，并在标准输出上生成校验和信息。 该实现支持三种校验和类型： crc32prod：单个对齐的校验和由 crc32 生成，并通过在素数字段中乘法组合到多个记录上。 使用的素数是 2^31-1。 sha512：单个对齐的校验和由 SHA-512 生成。 通过将它们相加并截断为 512 位数字，将它们组合到多个记录上。 sha512primesums512：单个对齐的校验和由 SHA-512 生成。 它们通过在质数字段中相加而组合到多个记录上。 使用的素数是 2^512+75。