#freqseq
##Intro freq_seq是一个小型 c++ 可执行文件，它使用bamtools api 记录映射到 bam 文件中的读取的主要和次要“等位基因”的频率。
该程序编写了一项特定任务（从 NGS 数据中检测多种感染），因此许多有趣的参数（次要等位基因频率截止、映射和碱基质量截止）都是当前硬编码的（尽管这可以很容易地更改） .
＃＃建造
构建由 cmake 管理。 这一系列命令应该freq_seq你一个名为freq_seq的可执行文件：
mkdir buid
cd build
cmake ../
make
＃＃用法
./freq_seq [path_to_BAM] [out_prefix]
会产生两个文件
out_prefix_bases.tsv包含每个多态性碱基的每个样本的次要等位基因频率，或者至少有一个样本的次要等位基因频率 > 0.05
out_pr
