freqseq:用于计算 BAM 文件中“读取等位基因”频率的简单工具

#freqseq ##Intro freq_seq是一个小型 c++ 可执行文件，它使用bamtools api 记录映射到 bam 文件中的读取的主要和次要“等位基因”的频率。 该程序编写了一项特定任务（从 NGS 数据中检测多种感染），因此许多有趣的参数（次要等位基因频率截止、映射和碱基质量截止）都是当前硬编码的（尽管这可以很容易地更改） . ＃＃建造 构建由 cmake 管理。 这一系列命令应该freq_seq你一个名为freq_seq的可执行文件： mkdir buid cd build cmake ../ make ＃＃用法 ./freq_seq [path_to_BAM] [out_prefix] 会产生两个文件 out_prefix_bases.tsv包含每个多态性碱基的每个样本的次要等位基因频率，或者至少有一个样本的次要等位基因频率 > 0.05 out_pr