snappymeth:从全基因组亚硫酸氢盐测序数据中调用等位基因特异性甲基化

snappymeth.py （仅在 python 2.7 上测试过） snappymeth.py 旨在从全基因组亚硫酸氢盐测序 (WGBS) 数据中发现 CpG 位点和小区域的等位基因特异性甲基化 (ASM)。 已经实施了两种方法： 使用杂合 SNP（在 VCF 中提供）分离对应于每个等位基因的读取对。 使用中间甲基化的 CpG 位点作为伪杂合 SNP 来分离读取对。 在每个等位基因读数中测序的甲基化和未甲基化碱基计数在 SNP 周围的每个 CpG 位点求和，并计算费舍尔精确检验 p 值（双尾）。 如果存在足够的 CpG 位点，则通过将所有覆盖的 CpG 位点的每个等位基因计数相加来进行区域分析。 如果需要，可以将满足 p 值临界值区域的每个等位基因的读数导出为单独的 BAM 文件，并且可以自动导出这些读数的 IGV 屏幕截图。 输入数据为： 使用对齐的 BAM 潜在的等