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aaRon:我每天在分析各种下一代测序数据时使用的 R 函数包,特别是全基因组亚硫酸氢盐测序
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2021-06-09
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阿龙 我每天在分析各种下一代测序数据时使用的一组 R 函数,特别是全基因组亚硫酸氢盐测序。 安装 从 github 获取当前的开发版本: # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " astatham/aaRon " ) 小插曲 待办事项 为甲基化计数和比率表创建 S4 类 为每个函数添加工作示例 创建示例用例的其他小插曲 特拉维斯
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aaRon-master.zip (87个子文件)
aaRon-master
NAMESPACE 4KB
DESCRIPTION 706B
R
screenshotUCSC.R 4KB
grangesVenn.R 2KB
methWindowRatios.R 1020B
methRatios.R 704B
binarizeFromPeaks.R 2KB
NOMe_plots.R 8KB
aaRon-package.r 52B
weightedMethylation.R 1KB
coverageBarplot.R 5KB
poolGroups.R 1KB
methHeatmaps.R 4KB
annotateRegionsByInteractons.R 4KB
tissueSpecificDMRs.R 4KB
shuffle.R 2KB
overlaps.R 7KB
findDomains.R 3KB
profile.R 2KB
slidingMethRatios.R 1KB
overlapPositions.R 5KB
findNDRs.R 3KB
ampliconAnalysis.R 11KB
methMDS.R 4KB
loadWGBS.R 2KB
makeTx.R 2KB
seqHeatmaps.R 2KB
plotDensities.R 1KB
utils.R 1KB
annotateRegions.R 6KB
methDensityPlot.R 2KB
biasPlots.R 3KB
.travis.yml 655B
.Rbuildignore 16B
README.md 692B
man
plotManyUCSC.Rd 730B
unstrand.Rd 367B
methMDS.Rd 1016B
screenshotUCSC.Rd 880B
lsos.Rd 545B
annotateRegionsByInteractions.Rd 864B
loadWGBS.Rd 554B
poolGroups.Rd 566B
q.Rd 288B
shuffle.Rd 413B
strip.Rd 374B
shuffleBed.Rd 434B
overlapStats.Rd 1KB
findDomains.Rd 1KB
methylationPlotSamples.Rd 1KB
ampliconAnalysis.Rd 1KB
tissueSpecificDMRs.Rd 2KB
overlapRegionFlanks.Rd 798B
overlapBoundaries.Rd 775B
unvalue.Rd 370B
aaRon.Rd 206B
methDensityPlot.Rd 700B
makeTx.Rd 816B
slidingMethRatios.Rd 747B
plotDensities.Rd 961B
seqHeatmaps.Rd 1KB
methylationPlotRegions.Rd 1KB
findDMVs.Rd 659B
coverageBarplot.Rd 2KB
grangesVenn.Rd 918B
overlapRatios.Rd 945B
regionalAmpliconAnalysis.Rd 693B
overlapMeans.Rd 779B
cpgWeights.Rd 513B
overlapRegions.Rd 567B
plotPromoterDMRs.Rd 1KB
binarizeFromPeaks.Rd 778B
findNDRs.Rd 965B
annotateRegions.Rd 2KB
ampliconGRanges.Rd 755B
overlapSums.Rd 773B
methylationBiPlot.Rd 1KB
findPMDs.Rd 653B
tabulateCoverage.Rd 933B
coverageRatio.Rd 649B
methHeatmap.Rd 1KB
biasPlots.Rd 683B
methWindowRatios.Rd 789B
methRatios.Rd 582B
overlapPositions.Rd 598B
weightedMethylation.Rd 595B
.gitignore 7B
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