2003554使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据_final1
需积分: 0 61 浏览量
2022-08-08
21:10:20
上传
评论 2
收藏 720KB DOCX 举报
1
2 使用 QIIME 2 分析微生物组 16S rRNA 基因扩增子测序数据
3 Using QIIME 2 to Analysis Amplicon Sequencing of 16S rRNA Gene in
4 Microbiome
5 刘永鑫
1, 2, 3, #,
*，陈同
4, #
，钱旭波
5
，白洋
1, 2, 3, 6,
*
6
7
1
中国科学院遗传与发育生物学研究所，植物基因组学国家重点实验室，北京；
2
中国科学院大学，生物
8 互作卓越创新中心，北京；
3
中国科学院遗传与发育生物学研究所，中国科学院–英国约翰英纳斯中心植
9 物和微生物科学联合研究中心，北京；
4
中国中医科学院，中药资源中心，北京；
5
浙江中医药大学附属
10 金华中医院儿科，金华，浙江；
6
中国科学院大学现代农学院，北京
11 *通讯作者邮箱：yxliu@genetics.ac.cn；ybai@genetics.ac.cn
12
#
共同第一作者/同等贡献
13
14 摘要：QIIME 是目前微生物组扩增子分析领域使用最广泛的流程 (软件) ，论文发表 10
15 年已经被引用超 2 万次。虽然 QIIME 的推出在微生物组数据分析领域具有里程碑意义，
16 但是该流程已经无法满足快速发展的微生物组数据分析需求。全新开发的 QIIME 2 流程
17 采用 Python 3 编写，它结合最新算法，提供交互式图表，插件可扩展性强，能更好地
18 满足当前大数据和可重复分析的要求。然而，QIIME 2 无法在主流的 Windows 系统下
19 直接运行，且用户说明文档长达 10 多万字，对缺少生物信息背景的研究人员来说，学
20 会使用这样的流程仍然是个巨大挑战。本文将介绍软件安装方法和标准分析流程，方便
21 同行快速上手使用 QIIME 2 流程；我们对使用过程的中间步骤和参数进行解读，帮助用
22 户掌握参数优化方法，以获得更合理的结果；同时对软件安装和使用过程中的常见问题
23 和解决方案进行总结。本文介绍的微生物组分析指标和方法具体包括数据导入导出、特
24 征表生成、alpha 和 beta 多样性分析、物种组成分析、差异物种分析以及数据可视化等。
25 本文提供配套视频、分析代码、测序数据和预期结果，以方便同行学习和复现本文的分
26 析过程。
27 关键词：微生物组，扩增子，QIIME 2, 16S rDNA，可视化
28
29 仪器设备
剩余22页未读，继续阅读
资源评论
