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dokdo:使用QIIME 2进行微生物组测序分析的Python软件包
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2021-04-05
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独岛 Dokdo是用于微生物组测序分析的轻量级Python软件包,可以用作命令行工具和Python模块。 独岛设计用于 , 是一个强大的社区开发的微生物组生物信息学平台。 独岛就像瑞士军刀一样用途广泛。 例如,您可以使用其命令行界面为QIIME 2创建各种输入文件(例如清单文件或样本元数据文件)或执行各种辅助分析。 您也可以将的应用程序编程接口与一起使用,以使用QIIME 2的输出文件(例如,分类条形图或alpha稀疏图)创建具有出版质量的图形。 要安装独岛,请在终端中输入以下内容: $ git clone https://github.com/sbslee/dokdo $ cd dokdo $ pip install . 有关更多详细信息,请参阅,它是Dokdo的正式用户文档,包括说明,教程和其他重要信息。 该页面还记录了与QIIME 2相关的精选信息和资源,我认为这些信息和资源特
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dokdo-master.zip (42个子文件)
dokdo-master
LICENSE 1KB
dokdo
api
common.py 13KB
heatmap.py 5KB
addpairs.py 2KB
distance_matrix_plot.py 2KB
denoising_stats_plot.py 3KB
beta_parallel_plot.py 3KB
regplot.py 2KB
get_mf.py 702B
read_quality_plot.py 2KB
taxa_abundance_box_plot.py 8KB
beta_2d_plot.py 4KB
barplot.py 6KB
alpha_diversity_plot.py 2KB
mannwhitneyu.py 1KB
addbiplot.py 3KB
count_reads_one_file.py 413B
ancom_volcano_plot.py 2KB
__init__.py 2KB
addsig.py 1KB
wilcoxon.py 1KB
alpha_rarefaction_plot.py 3KB
ordinate.py 4KB
beta_scree_plot.py 2KB
pname.py 485B
beta_3d_plot.py 3KB
num2sig.py 814B
taxa_abundance_bar_plot.py 8KB
__main__.py 9KB
__init__.py 19B
version.py 22B
cli
add_metadata.py 2KB
prepare_lefse.py 3KB
__init__.py 430B
make_manifest.py 1KB
summarize.py 3KB
count_reads.py 976B
collapse.py 851B
setup.py 463B
.gitignore 2KB
CHANGELOG.md 4KB
README.md 1KB
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单身的小孩
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