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SVDB:结构变异数据库软件
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2021-05-29
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SVDB SVDB 是一个用于构建和查询结构变体数据库的工具包。 数据库是使用来自结构变体调用程序(如 TIDDIT、Manta、Fermikit 或 Delly)的输出 vcf 文件构建的。 SVDB 还可用于合并来自多个调用者或个人的 SV vcf 文件。 支持的公共数据库 SVDB查询支持公共数据库,例如上千个基因组的SV图和Gnomad SV,以及大多数多样本SV vcf文件 千人基因组SV数据库: ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/phase3/integrated_sv_map/ 斯威根SVDB: GNOMAD SV 数据库: 外部数据库是这样运行的: svdb --query \ --query_vcf /home/jesper/vcf/6_pair_limit/P2109_120.clean.dedup.
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SVDB-master.zip (26个子文件)
SVDB-master
Dockerfile 831B
.gitignore 55B
README.md 8KB
.github
workflows
main.yml 745B
tests
test_overlap_module.py 2KB
test_dbscan.py 859B
test_export.py 275B
__init__.py 0B
test_readvcf.py 209B
LICENSE 1KB
svdb
query_module.py 11KB
merge_vcf_module.py 7KB
build_module.py 4KB
merge_vcf_module_cython.py 9KB
overlap_module.py 2KB
export_module.py 11KB
readVCF.py 3KB
__init__.py 0B
__main__.py 9KB
DBSCAN.py 3KB
database.py 1KB
Singularity
SVDB.2.2.0 605B
SVDB.2.3.0 605B
SVDB.2.4.0 605B
setup.py 774B
.travis.yml 260B
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靚兔
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