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GeneBreak:GeneBreak R包
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2021-05-03
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GeneBreak R包 拷贝数畸变(CNA)的断点指示潜在的DNA断裂,从而指示结构变异中涉及的区域。 大拷贝数数据队列的可用性使得能够鉴定经常受到结构变异影响的基因。 该软件包可让您系统地识别与CNA相关的复发性断点基因。 实现了断点检测和针对断点到基因的映射的量身定制的注释方法,该方法考虑了与断点间隔有关的基因位置。 此外,结合了具有多个测试校正的统计信息以获得循环断点事件。 该方法既可以应用于从微阵列获得的拷贝数数据,例如阵列比较基因组杂交(CGH),也可以应用于全基因组测序。 安装 devtools :: install_github( " stefvanlieshout/GeneBreak " ) 这需要软件包“ devtools”: install.packages( " devtools " ) 样本工作流程 从拷贝数分析工作流输出用于CGH数据和用于NGS数据可以作为
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GeneBreak-master.zip (49个子文件)
GeneBreak-master
man
copynumber.data.chr21.Rd 614B
namesFeatures-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 720B
ens.gene.ann.hg38.Rd 647B
featureInfo-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 840B
copynumber.data.chr18.Rd 617B
featureChromosomes-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 772B
addGeneAnnotation-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 2KB
accessOptions-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 776B
geneInfo-CopyNumberBreakPointGenes-method.Rd 806B
callData-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 712B
sampleNames-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 703B
bpStats-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 3KB
ens.gene.ann.hg19.Rd 647B
breakpointsPerGene-CopyNumberBreakPointGenes-method.Rd 913B
segmentData-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 718B
getBreakpoints.Rd 3KB
bpGenes-CopyNumberBreakPointGenes-method.Rd 962B
breakpointData-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 772B
bpPlot-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 1KB
geneChromosomes-CopyNumberBreakPointGenes-method.Rd 869B
bpFilter-CopyNumberBreakPoints-method.Rd 2KB
GeneBreak.Rd 1KB
CopyNumberBreakPoints-class.Rd 2KB
CopyNumberBreakPointGenes-class.Rd 2KB
recurrentGenes-CopyNumberBreakPointGenes-method.Rd 1KB
copynumber.data.chr20.Rd 614B
ens.gene.ann.hg18.Rd 647B
featuresPerGene-CopyNumberBreakPointGenes-method.Rd 1021B
data
ens.gene.ann.hg18.rda 246KB
ens.gene.ann.hg19.rda 406KB
ens.gene.ann.hg38.rda 439KB
copynumber.data.chr18.rda 1.24MB
copynumber.data.chr21.rda 613KB
copynumber.data.chr20.rda 1.08MB
NAMESPACE 1KB
inst
doc
GeneBreak.Rnw 15KB
GeneBreak.R 7KB
GeneBreak.pdf 199KB
vignettes
GeneBreak.Rnw 15KB
R
dataDocumentation.R 3KB
AllGenerics.R 2KB
GeneBreakAccessors.R 13KB
GeneBreakMethods.R 39KB
pkgname.R 942B
private.R 720B
AllClasses.R 5KB
NEWS 12B
DESCRIPTION 714B
README.md 3KB
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歪头羊
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