没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
scan-snv:单细胞体型基因分型仪
共56个文件
sh:24个
r:13个
yaml:6个
需积分: 27 0 下载量 95 浏览量
2021-05-16
05:21:37
上传
评论
收藏 63KB ZIP 举报
温馨提示
扫描SNV 用于在整个基因组中扩增SNV的SNV发现的体细胞基因分型仪。 SCAN-SNV有什么作用? SCAN-SNV从全基因组扩增的单细胞DNA-seq识别体细胞单核苷酸变异体(sSNV)。 SCAN-SNV在设计时考虑了多位移扩增(MDA),但该原理应适用于任何在同源等位基因之间产生不均匀扩增的扩增方法。 假定由SCAN-SNV识别的所有sSNV都是杂合的,因为在同一位置和相同碱基发生两次相同体细胞突变的可能性很小。 还存在其他产生非杂合体细胞突变的机制(即杂合性丧失),但是SCAN-SNV并未对这些机制进行建模。 SCAN-SNV基因型种系SNV是否存在? 不,SCAN-SNV不会称为种系SNV。 SCAN-SNV方法将拒绝识别在(必需)匹配的大样本中发现任何支持阅读突变的SNV。 如果使用深度测序(即〜30X或更大)的批量数据,则实际上所有种系突变都将至少有一个支持读,因
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
scan-snv-private.zip (56个子文件)
scan-snv-private
recipes
scansnv
build.sh 212B
info
has_prefix 12B
meta.yaml 7KB
r-fastghquad
build.sh 3KB
bld.bat 57B
meta.yaml 3KB
r-scansnv
build.sh 284B
meta.yaml 943B
slurm-drmaa-1.2.0
build.sh 341B
meta.yaml 447B
scripts
count_cigars.py 1KB
estimate_ab.R 2KB
fdr_tuning.R 4KB
genotype.R 2KB
get_cigars.sh 622B
totab.phase.sh 785B
totab.sh 1KB
README.md 7KB
snakemake
config.yaml 690B
cluster.yaml 40B
Snakefile 27KB
gatk_regions_example.txt 6KB
bin
scansnv 17KB
legacy
somatic_ab.X.R 1KB
get_hsnp_positions.sh 352B
somatic_ab.R 1KB
get_somatic_ab.sh 478B
utils
check_grid.R 289B
combine_grids.R 956B
cat_vcfs.sh 444B
gridfit-gauss
cpu.h 346B
Makefile.icc 190B
cpu.c 8KB
Makefile.gcc 260B
main.c 6KB
run_shapeit2.sh 2KB
pipeline.sh 4KB
gridfit_slurm.sh 1KB
get_somatic_positions.sh 436B
run_gatk_slurm.sh 1KB
torda.X.R 2KB
hsnp_positions.R 585B
run_gatk.sh 1KB
get_somatic_gt.sh 547B
check_env.sh 4KB
run_shapeit.sh 3KB
somatic_positions.R 1KB
gridfit_chr.py 13KB
setenv.sh 378B
get_hsnps_singlecell.sh 1KB
make_fits.X.R 821B
demo.sh 2KB
torda.R 2KB
make_fits.R 907B
run_gatk_demo.sh 1KB
scan_snv.sh 3KB
共 56 条
- 1
资源评论
Rainy.凌霄
- 粉丝: 23
- 资源: 4601
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功