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matlab有些代码不运行-GeTallele:GeTallele-一个工具箱,提供了一组用于分析,统计评估和可视化基因组和转录...
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2021-05-23
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matlab有些代码不运行吉塔雷勒 带有工具箱的存储库(以及用于分析和生成图形的代码)在“ GeTallele:分析DNA和RNA等位基因频率分布的方法”中进行了描述。 可在以下位置获得开放获取文件 GeTallele描述 功能性 其提供了一套用于分析,统计评估和可视化锗诺姆和T ranscriptome等位基因频率分布的函数的工具箱。 GeTallele的主要功能是估计染色体片段(连续的多SNV基因组区域)中的变异概率(vpr )。 变异概率允许对染色体片段中变异等位基因频率(VAF)分布进行高级描述。 要求 GeTallele需要Matlab软件环境的基本知识。 使用GeTallele所需的Matlab技能包括:基本的Matlab语法知识(例如,用于循环),导入数据,使用Matlab脚本,使用Matlab脚本中的部分以及使用Matlab帮助。 GeTallel是在macOS 10.14.6上使用Matlab 2020a创建和测试的。 GeTallele需要:“信号处理工具箱”和“统计和机器学习工具箱”。 输入 GeTallele的输入是变量读取计数和参考读取计数。 变体和参考读
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matlab有些代码不运行-GeTallele:GeTallele-一个工具箱,提供了一组用于分析,统计评估和可视化基因组和转录组等位基因频率 (138个子文件)
vpr_VAF_4layers.conf 4KB
vpr_VAF_4layers.conf 4KB
vpr_VAF_1layer.conf 2KB
vpr_VAF_1layer.conf 2KB
karyotype.and.layout.conf 899B
karyotype.and.layout.conf 899B
highlights.conf 621B
highlights.conf 621B
ticks.conf 561B
ticks.conf 561B
ideogram.label.conf 262B
ideogram.label.conf 262B
link.rules.conf 225B
link.rules.conf 225B
heatmap.rules.conf 220B
heatmap.rules.conf 220B
ideogram.conf 196B
ideogram.conf 196B
ideogram.position.conf 143B
ideogram.position.conf 143B
bands.conf 141B
bands.conf 141B
COPYING 32KB
COPYING 32KB
.gitignore 25B
.gitignore 25B
.gitignore 9B
.gitkeep 0B
.gitkeep 0B
.gitkeep 0B
.gitkeep 0B
.gitkeep 0B
LICENSE 34KB
concurrence_of_segmentation_based_on_DNA_and_RNA.m 12KB
combinator.m 12KB
combinator.m 12KB
VBP_estimator.m 10KB
find_segments_and_fit_vpr.m 8KB
gen_all_possible_vprs.m 7KB
fit_vpr_in_segments.m 7KB
distinguishable_colors.m 6KB
distinguishable_colors.m 6KB
example_matched_signals_and_purity.m 6KB
ga_ternaxes.m 5KB
ga_ternaxes.m 5KB
ternplot_pro.m 5KB
ternplot_pro.m 5KB
figure_8.m 5KB
find_win_and_vpr.m 5KB
plot_VAF_and_vpr.m 5KB
find_all_admissible_mixtures.m 5KB
figure_3.m 4KB
simple_example.m 4KB
figure_4.m 4KB
all_vpr_to_matrix.m 4KB
supp_figure_1.m 4KB
plot_adm_mix.m 4KB
figure_7.m 4KB
import_CNA_files.m 4KB
gen_all_possible_vprs.m 4KB
figure_9.m 3KB
figure_5.m 3KB
import_from_tsv.m 3KB
figure_1.m 3KB
raw_data_load_preprocess_save_to_mat.m 3KB
generate_circos_files_and_plots.m 3KB
subtightplot.m 3KB
subtightplot.m 3KB
simple_example_circos_4l.m 3KB
plot_VAF_and_vpr.m 3KB
generate_VAF_cdfs.m 3KB
ternsurf.m 2KB
ternsurf.m 2KB
generate_var_ref_sample.m 2KB
ternplot.m 2KB
ternplot.m 2KB
convert_vprs_to_circos_line.m 2KB
terncontour.m 2KB
terncontour.m 2KB
generate_VAF_sample.m 2KB
figure_6.m 2KB
correlations_between_vPR_and_CNA.m 2KB
terndemo.m 1KB
terndemo.m 1KB
segmentation_results.m 1KB
load_all_preprocessed_data.m 1KB
gen_ideal_hist.m 1KB
find_confidence_intervals_for_vpr_estimation_from_VAF.m 1KB
farey_bins.m 1KB
farey_sequence.m 1KB
convert_reads_to_VAF.m 1KB
terncoords.m 1KB
terncoords.m 1KB
convert_vprs_to_circos_line.m 1KB
vertexlabel.m 1011B
vertexlabel.m 1011B
figure_2.m 955B
ga_ternlabel.m 927B
ga_ternlabel.m 927B
ternpcolor.m 900B
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