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kmer-profile:kmer配置文件分析脚本
共25个文件
py:22个
gitignore:1个
cfg:1个
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2021-04-13
20:29:52
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kmer档案 kmer配置文件分析脚本 要求 在安装此软件包之前,需要先安装以下组件(即不会自动安装): Python> = 3.7 可选要求 如有必要,必须在您的PATH安装以下内容 (如果使用fasta / fastq文件) (如果使用db / dam文件) 如何安装 $ git clone https://github.com/yoshihikosuzuki/kmer-profile $ cd kmer-profile $ python3 setup.py install 除了python模块外,还安装了用于可视化的二进制可执行文件kmer_profile 。 如何使用 您应该为数据集提供带有-p选项的FastK输出(即,您需要具有.prof文件)。 可视化k-mer计数直方图和计数曲线 运行以下命令,然后在浏览器中打开http://localhost:8050 (可以使用
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kmer-profile-master.zip (25个子文件)
kmer-profile-master
.gitignore 2KB
setup.cfg 767B
README.md 3KB
src
type
pread.py 1KB
__init__.py 110B
error.py 2KB
const.py 171B
dash.py 10KB
classifier
io.py 2KB
classifiy_unreliable.py 11KB
classifiy_reliable.py 12KB
context.py 8KB
intvl.py 14KB
__init__.py 532B
naive.py 1KB
poisson_mixture_model.py 6KB
visualizer
count.py 2KB
profile.py 8KB
context.py 4KB
__init__.py 160B
__init__.py 72B
archive
heuristics.py 7KB
hidden_markov_model.py 6KB
em_algorithm.py 5KB
setup.py 38B
共 25 条
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