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mkmh:生成 kmersminimizershashesMinHash 签名,包括多个 kmer 大小
共16个文件
cpp:4个
hpp:3个
fa:3个
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2021-05-29
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米姆 绘制kmers,最小化器,哈希和MinHash草图(具有多个k),并进行比较。 用法 要在代码中使用 mkmh 函数: 在代码中包含头文件#include "mkmh.hpp" 编译库: cd mkmh && make lib 确保 lib 和标头位于 LD 包含/lib 路径上(例如在您的 makefile 中): `` gcc -o my_code my_code.cpp -L/path/to/mkmh -I/path/to/mkmh -lmkmh 就是这样! 可用功能 便利功能: -反向补全字符串- 反转字符串- 将字符串的字符大写 - 检查字符串是否仅包含规范的 DNA 字母(“A”、“a”、“C”、“c”、“T”、“t”、“G”、“g”) 子串和变换: - 获取字符串的前带状疱疹- 获取字符串的 kmers 大小k - 对于多个k ,获取所有k的字符串的 kmer
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mkmh-master.zip (16个子文件)
mkmh-master
test.cpp 7KB
example.cpp 747B
.github
workflows
ccpp.yml 295B
.gitmodules 254B
catch.hpp 425KB
xxHash
murmur3
LICENSE 1KB
README.md 2KB
Makefile 1KB
mkmh.hpp 46KB
data
hpv_16.fa 8KB
hpv_1.fa 8KB
hpv_2.fa 15KB
HASHTCounter.cpp 3KB
.gitignore 21B
HASHTCounter.hpp 976B
mkmh_test.cpp 6KB
共 16 条
- 1
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dahiod
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