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conservationLandscape:该管道根据kmer频率生成保护景观
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2021-04-11
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自然景观 该存储库托管了一个管道,用于根据一组目标基因组中参考kmers的频率生成保护景观。 该管线已应用于选择适合PCR设计的区域。 理据 参考基因组被分为大小为k(kmer)的子序列。 获得了跨越一组靶基因组的每个参考kmer的频率。 保护景观是这种频率图的图形表示。 频繁的突变会导致频率急剧下降,而高度保守的区域则被视为稳定的高频区域。 安装 依赖 在运行此管道之前,必须已在$ PATH中安装并可用了以下依赖项: 水母v2.3 [ ] nextflow [ ] R软件[ ] kmer_cov_plot。 该脚本是AMOS基础结构的一部分[ ]。 此工具的安装可能很麻烦。 我们在文件AMOS_instalation.md上包含一些有用的技巧 如何安装此管道 克隆此存储库 移至存储库目录 执行示例命令行: nextflow run landscape.nf --inp
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JinTommy
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