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krakenreports:从kraken输出创建kmer可视化
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2021-03-30
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krakenreports 如何安装: 创建一个conda环境,然后运行以下命令 sbatch -p NMLResearch -c 1 --mem=4G --wrap="wget -O - https://raw.githubusercontent.com/TheZetner/krakenreports/master/inst/exec/install.sh | bash" 仅在制浆系统上才需要制浆 运行install.sh,它执行以下操作 安装... 来自Bioconda的kraken2 来自r的r-base 来自r的r-base 来自conda-forge的r-essentials 来自conda-forge的r-xml 安装R Packages Remotes(CRAN)和Krakenreports(Github) 将可执行脚本复制到Conda环境的bin /文件夹中
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krakenreports-master.zip (23个子文件)
krakenreports-master
.gitignore 19B
NAMESPACE 288B
images
exampleplot.png 9KB
paired.png 7KB
R
functions.R 7KB
.Rbuildignore 60B
LICENSE.md 1KB
man
plotSummary.Rd 392B
readKmerData.Rd 353B
plotKmerCigar.Rd 346B
tidyPairedKmerData.Rd 535B
tidyKmerData.Rd 454B
plotAllKmerCigars.Rd 403B
README.md 4KB
inst
exec
install.sh 816B
runkraken.sh 599B
krakenreports.R 3KB
run-pairedcompressed-kraken.sh 778B
update.sh 522B
extdata
mapped.tsv 3KB
krakenreports.Rproj 436B
.Rhistory 19KB
DESCRIPTION 778B
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佐罗先生
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