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CAMIKraken:用于Kraken元基因分类器的Dockerfile和包装器
共6个文件
py:2个
dockerfile:1个
train:1个
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2021-05-15
17:48:07
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卡米拉肯 这个小型存储库包含一个用于安装Kraken的Dockerfile,以及用于将输出转换为符合竞赛shell和python脚本。 Dockerfile符合 。 获取码头工人 您可以从Dockerhub中提取: docker pull dkoslicki/camikraken 或提取此存储库并进行编译: git clone https://gihub.com/dkoslicki/CAMIKraken.git cd CAMIKraken/Docker docker build -t username/imagename . 训练 这个泊坞窗中有一个training任务,它将使用默认训练参数来训练Kraken。 通过提供一个名为taxonomy.tar.gz的文件来指定taxonomy.tar.gz ,该文件包含以下文件: names.dmp, nodes.dmp和gi_taxid
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CAMIKraken-master.zip (6个子文件)
CAMIKraken-master
src
generate_taxonomy_taxid.py 17KB
KrakenToCAMI.py 3KB
README.md 2KB
Docker
train 2KB
Dockerfile 1KB
default 2KB
共 6 条
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看起来很年长的一条鱼
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