ArrayMaker:在来自哺乳动物全基因组序列数据的 BAM 文件的选定位点创建 SNP 基因型的转置 PED 文件

ArrayMaker 版本 1.1 在来自哺乳动物全基因组序列数据的 BAM 文件的选定位点创建 SNP 基因型的转置 PED 文件 该程序从全基因组比对（BAM 格式）生成 SNP 调用，并以转置的 PED (tped) 格式输出它们。 它旨在为具有参考基因组序列的任何物种的 BED 格式（目前仅 SNP）的任何标记列表中的基因型调用创建 tped。 该程序假定常染色体以连续的数字顺序指定，如人类等。随程序提供的是 Equine SNP50 和 SNP70K 阵列以及 Canine HD 阵列（canFam2 和 canFam3 坐标）的示例 BED 文件。 可以在顶部 ( ) 或转发呼叫方向进行呼叫。 该程序在 Linux 操作系统上运行，需要 SAMtools 1.18 或更高版本。 SAMtools 可以从 SourceForge 或 GitHub 免费下载。 还必须提供与