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矩形法matlab左点法代码-align2rawsignal:AKAWIGGLER:通过比对的测序读取(BAM/tagAlign...
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矩形法matlab左点法代码align2rawsignal AKA WIGGLER:通过比对的测序读取(BAM / tagAlign)创建全基因组的原始或标准化信号轨道 Wiggler可以为ChIP-seq,DNase-seq,FAIRE-seq和MNase-seq数据集生成全基因组信号覆盖轨迹。 2012年9月所有ENCODE论文都使用了这些曲目() 请参阅或以获取方法的详细说明。 作者:Anshul Kundaje 电子邮件:kundaje网点上的akundaje 最新更新:2015年8月 ## Introduction align2rawsignal(又名WIGGLER ..,因为它会生成摆动文件)读取一组tagAlign / BAM文件,过滤出多个映射标签,并使用各种标签移位和平滑参数创建一个整合的全基因组信号覆盖文件以及各种归一化方案 该方法说明了以下问题: 测序深度 基因组的映射能力(基于阅读长度和不明确的碱基) 区分显示为0信号的位置仅仅是因为它们不可映射与没有读取而可映射的位置。 前者未在输出摆动或底图文件中表示,而后者则表示为0。 组合的不同数据集的不同标记移位 实现
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