基于参考的分析1.根据所需的严格性，过滤从Illumina Raw Data（成对末端）获得的原始读数，以fastq格式生成一组高质量（HQ）序列。 2.Lignment使用scanAP程序针对条形码文件（Fasta格式）读取（HQ，Fastq格式）。 3.使用trim_seq.pl修剪条形码并过滤配对端。 使用fltfastq2pe.pl进行分类的配对端。 产生输出“ R1.trim.pair.fastq”和“ R2.trim.pair.fastq”。 4.使用Bowtie2将过滤后的序列读数与参考基因组进行比对，最多允许四个错配和一个高达3 bp的缺口。 使用SAMtools堆积命令确定变量位置（SNP）。 5.AFSM_meth_V_1.0.pl用于分析AFSM的甲基化结果，是基于组装序列的比较。 perl AFSM_meth_V_1.0.pl -i output.sort.bam -o output.meth.matrix
