易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程1

【易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程1】介绍了一个针对微生物组学研究的高效分析工具——EasyAmplicon。扩增子测序在微生物生态学研究中占据重要地位，而QIIME、USEARCH和Mothur等主流分析流程各自存在一些问题，例如安装复杂、大数据收费或用户界面不友好。为了解决这些问题，研究者开发了EasyAmplicon，它基于体积小巧、安装便捷、计算速度快且跨平台的USEARCH，并结合VSEARCH以克服USEARCH免费版的限制。 EasyAmplicon的设计目标是简化扩增子数据分析，提供一个易于使用、可重复并且能在不同操作系统（Windows、Mac、Linux）上运行的流程。它利用RStudio的图形用户界面管理代码文档和运行流程，允许用户通过命令行或图形界面进行操作。此外，流程中包含了多个脚本，支持常见的数据分析任务，如特征表过滤、重采样、分组平均值计算，以及为其他软件（如STAMP、LEfSe、PICRUSt1/2）生成输入文件。 该流程的部署非常简便，用户可以从GitHub（https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon）下载并安装在个人电脑或服务器上。对于普通个人电脑，只需2小时就能完成几十个样本的分析。为了运行EasyAmplicon，用户需要准备具备以下配置的设备： - 操作系统：Windows 10、Mac OS 10.12+或Linux Ubuntu 18.04+ - CPU：至少2核 - 内存：至少8GB - 硬盘：大于10GB，且应大于原始数据的10倍大小 另外，流程中使用的软件和数据库包括： 1. R语言环境（推荐4.0.2版本） 2. RStudio（推荐1.3.1056版本） 3. Git Bash（仅Windows系统，可选） 4. USEARCH v10.0.240 5. VSEARCH v2.15.0 6. EasyAmplicon v1.10 7. RDP v16核糖体数据库 8. 可选：GreenGene数据库v13_8 9. 可选：SILVA v123数据库 EasyAmplicon的出现，极大地优化了微生物扩增子数据的处理，使得研究人员能够更专注于数据分析本身，而不是繁琐的工具安装和配置。其易用性和可重复性使得微生物组学研究变得更加高效，有助于推动相关领域的科研进展。