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archer:在运行CLIMB工作流程之前对扩增子数据进行预处理
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2021-03-21
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射手 用于分类,珩磨和导出读段的Artic资源 关于 这是一个基本的微服务,用于在运行CLIMB工作流程之前对数据进行预处理。它具有一个gRPC API,该API支持启动/取消/监视示例处理任务,并包括一个用于运行服务器和客户端实现的命令行应用程序(称为archer )。 如果用户希望CLIMB对数据运行,则需要在CLIMB处理数据之前在本地检查数据并将其上传到S3存储桶。这是archer进来的地方。它将: 验证ProcessRequest提供的样本以获取最少的元数据 针对扩增子引物方案的与样品链接的过滤器读数 压缩所有目标读取并上传到S3 报告回来 依存关系 除了列出的外部Go软件包,还需要以下工具和软件包来构建微服务可执行文件和文档: 制作 转到工具链 协议 原协议 原始文件 正在安装 易于安装由处理: make all 该命令将: 编译Go的原始文件 编译gRPC API文档 在G
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archer-main.zip (37个子文件)
archer-main
Dockerfile 135B
.gitignore 11B
main.go 1KB
README.md 4KB
.github
workflows
docker.yml 2KB
tests.yml 2KB
pkg
version
version.go 579B
mock
client_mock.go 3KB
minhash
minhash_test.go 2KB
minhash.go 3KB
amplicons
manifest.go 2KB
amplicons_test.go 3KB
amplicons.go 6KB
api
v1
schemes.pb.go 15KB
archer.pb.go 38KB
bucket
bucket_test.go 176B
bucket.go 3KB
protocol
grpc
server.go 3KB
service
v1
archer.go 7KB
sampleInfo.go 2KB
archer_test.go 1KB
cancel.go 235B
process_test.go 870B
process.go 5KB
watch.go 2KB
LICENSE 1KB
api
docs
v1
schemes.md 6KB
archer.md 9KB
proto
v1
schemes.proto 600B
archer.proto 4KB
go.mod 976B
go.sum 69KB
Makefile 798B
cmd
process.go 2KB
launch.go 3KB
root.go 2KB
watch.go 3KB
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