水稻根系微生物组样本种植及取样和16S 核糖体RNA基因扩增子文库制备方法_yx1
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2022-08-08
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1
www.bio-protocol.org/exxxx
DOI:10.21769/BioProtoc.xxxx
55555111112000
水稻根系微生物组样本种植及、取样和 16S 核糖体 RNA 基因扩
增子文库制备方法
Cultivation, Samples Collection and 16S RibosomaRibosomal RNA Gene Library
Preparation
Of of Root Microbiota in Rice Root Microbiota Samples
徐浩然
1, 2, 3, 4
，张婧赢
1, 2, 3
，白洋
1, 2, 3, 4,
*
1
植物基因组学国家重点实验室，种子创新研究院，中国科学院遗传与发育生物学研究所，北京；
2
生物
互作卓越创新中心，中国科学院大学，北京；
3
中国科学院-英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合
研究中心，中国科学院遗传与发育生物学研究所，北京；
4
现代农学院，中国科学院大学，北京
*通讯作者邮箱: ybai@genetics.ac.cn
#
共同第一作者/同等贡献
摘要
自然土壤中生长的植物根系富集了种类繁多的微生物，这些微生物在植物根、根际
组成了根系微生物组并在植物营养吸收(Zhang
等，
2019)和抵抗疾病(Paloma
等，
2018)
等方面发挥着重要功能。本文以水稻为例，从水稻田间种植、根与根际土样本的采集、
16S 核糖体 RNA（(rRNA）)基因扩增子文库构建等方面介绍了根系微生物组样本的获得
与检测方法，结合 Illumina 测序技术和生物信息学分析可以得到微生物组的结构组成数
据。解析根系微生物组结构组成是阐明植物调控自身根系微生物组的机制以及探索根系
微生物组与植物互作的基础，对于提高植物生产能力具有重要意义。
关键词: 水稻，根系微生物组，种植及，取样，扩增子测序
材料与试剂
次氯酸钠 (Macklin, cat. no. S828471)
乙醇 (SIGMA, cat. no. E7023-500ML)
Murashige Skoog 培养基（(含维生素）) (MS, Caisson, cat. no. MSP09)
蔗糖 (HuShi, cat. no. JC-SJ03064)
氯化钠 (NaCl, SIGMA, cat. no. S7653-250G)
磷酸氢二钠 (Na
2
HPO
4
·2H
2
O, SIGMA, cat. no. 04272-1KG)
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