没有合适的资源？快使用搜索试试~
我知道了~
文库首页
行业
医疗
处理钙信号数据
处理钙信号数据
神经生物
需积分: 43
13 下载量
142 浏览量
2019-01-22
22:02:37
上传
评论
1
收藏
2KB
M
举报
温馨提示
立即下载
处理钙信号数据，算出钙信号变化。通过将每帧图像的数值排序，选取前几位作为基础值，然后根据差值计算变化率。
资源推荐
资源评论
CALIMA-2.0:CALIMA 2.0是用于处理钙荧光成像数据的用户友好工具
浏览：107
CALIMA 2.0是基于C＃和.NET的软件工具，用于分析钙荧光成像数据。 CALIMA 2.0能够识别细胞网络中的单个细胞活动，并交叉引用不同细胞的活动。 在CALIMA 1.0的源代码中已对原始荧光迹线的处理进行了修改，从而提取了DeltaF / F0迹线，以测量细胞中的钙浓度。 此外，已经简化了关于用户要设置的参数数量的算法，并且提出了关于参数空间的建议。 先前版本的CALIMA（v1.
Image_toolbox：这是我用于钙成像数据的图像处理和下游分析的工具箱
浏览：100
图片工具箱 最后更新：@danustc在 源代码说明 -------------------包装依赖性------------------ tifffile ：由开发scikit-image ：版本0.14或更高版本scikit-learn ：当前为0.19.2，但是其他版本也可以使用 -------------------主要管道--------------------- Pipeline.
matlab绘制曲线代码-Ex-vivo-Ca-imaging-data-processing:离体钙成像数据处理
浏览：84
matlab绘制曲线代码离体钙成像数据处理 Matlab 代码是用于图像加载（使用内存映射）、ROI 绘制和 dF/F 计算的定制 GUI R 脚本用于处理来自 MATLAB GUI 的 ROI 读数。 其中包括制作dF/F曲线、统计分析、热图等。
Toolbox-Romano-et-al:用于分析神经元群钙成像数据的计算工具箱-matlab开发
浏览：64
有关教程和完整说明，请参阅 Romano 等人的预印本 A 计算工具箱和分步教程，用于分析钙成像数据中的神经元种群动态 (doi.org/10.1101/103879)。 该工具箱在 Romano 等人 (doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005526) 的论文中演示了用于分析神经元种群动态的综合钙成像处理工具箱。 由斑马鱼神经行为学实验室开发 ( http://ww
泊松分布MATLAB代码-CalciumSim:钙成像数据的模拟
浏览：46
泊松分布MATLAB代码钙离子 钙成像数据的仿真框架 亨利·吕特克大脑研究所瑞士苏黎世大学 要运行代码，请将文件夹modelCalcium和所有子文件夹添加到您的Matlab路径中。 在命令行上，输入：S = modelCalcium 这将运行模拟并生成模拟峰值和钙痕迹的图。 来自仿真的参数和数据返回到结构S中。 更改S中的任何参数，并使用新的参数集再次运行该函数：S = modelCalcium
基于Matlab的大规模钙成像数据分析的完整源码.zip
浏览：175
5星 · 资源好评率100%
大规模钙成像数据分析的计算工具箱。该代码实现了 CNMF 算法，用于从大规模钙成像电影中同时进行源提取和尖峰推断。包括更多功能。该代码适用于体细胞成像数据的分析。未来将添加树突状/轴突成像数据分析的改进实施。
deep-calcium:具有完全卷积网络的快速，简单的钙成像分割（https
浏览：15
深钙 钙成像数据的深度学习模型 安装与范例 使用预训练的UNet2DS模型安装软件包并在Neurofinder上进行预测。 注意：这里假设使用python3.5和pip3。 # Install from Github repo. Need to upgrade pip. $ pip install --upgrade --user -I pip $ pip install --user git
EZcalcium:钙数据提取与分析
浏览：96
易钙 钙成像分析变得容易。 EZcalcium是一个灵活，用户友好的工具箱，用于分析钙成像数据，由一套基于MATLAB的直观图形用户界面（GUI）控制。 组件和一般工作流程 EZcalcium包含三个主要模块：运动校正， ROI检测和ROI细化。 通常，通过此工作流程处理成像数据文件。 基于运动校正可应用图像对齐来校正原始成像数据中的运动伪像。 ROI检测，基于该，执行自动ROI检测，信号提取
参数化钙信号：表征瞬时钙信号-matlab开发
浏览：129
从时间序列数据中自动表征单峰和多峰瞬态钙响应。 信号被分解为漂移和响应分量，并且使用瞬态响应和漂移的数学模型重建整个信号。 测量开始时间，激活时间（总振幅的10％至90％），响应振幅，半峰全宽，衰减时间常数。 对于振荡多峰响应，算法尝试将相干振荡与完全随机的振荡分开，对于完整组振荡以及相干子集报告振荡次数、振荡周期（平均）、周期的标准偏差、幅度（平均） 、半高全宽（平均）、占空比（平均）和振荡持续
matlab如何敲代码-spikes:从钙信号中提取峰（Deneux等，2016）
浏览：87
matlab如何敲代码ML钉 MLspike是一种可从嘈杂的钙记录中重建神经元尖峰活动的算法。 其说明和基准可以在中找到。 要求 MLspike需要工具箱。 将MLspike和Brick文件夹添加到Matlab路径，但不添加其子文件夹。 入门 MLspike将钙信号作为输入，并返回峰值序列估计值。 它可以选择返回峰值概率，而不是唯一的后验峰值序列或从后验分布中得出的随机峰值序列。 MLspike需
钙成像数据信号处理matlab工具箱.zip
浏览：172
2.领域：智能优化算法、神经网络预测、信号处理、元胞自动机、图像处理、路径规划、无人机等多种领域的Matlab仿真，更多内容可点击博主头像 3.内容：标题所示，对于介绍可点击主页搜索博客 4.适合人群：本科，硕士...
matlab导出fftc代码-fissa:一个用于快速图像信号分离分析的Python工具箱，专为钙成像数据而设计
浏览：124
FISSA（快速图像信号分离分析）是一个Python软件包，用于对双光子钙成像数据中的体细胞信号进行净化处理。 它可以读取tiff格式的图像以及从导出的zip文件中的ROI。 或对numpy数组进行操作，这些数组是通过导入存储在...
matlab绘制曲线代码-ciat:钙成像分析工具箱
浏览：63
层神经元的适应不良可塑性是慢性疼痛发展的关键，并且严重依赖于细胞内钙信号。 然而，这些神经元中神经元活动与细胞内钙之间的关系尚不清楚。 在这里，我们将双光子钙成像与全细胞电生理学相结合，以确定动作电位...
matlab的egde源代码-CNMF_E:微内窥镜数据的约束非负矩阵分解
浏览：27
matlab的egde源代码CNMF_E ...您可以修改这些演示以处理自己的数据集。 demo_endoscope.m：此演示非常适合对数据进行探索性分析。 它使您对CNMF-E管道的不同阶段以及不同的参数选择如何影响最终结果有很好的
MLspike:从钙信号中提取尖峰（Deneux 等人，2016 年）-matlab开发
浏览：185
MLspike 是一种从嘈杂的钙记录中重建神经元尖峰活动的算法。 它的描述和基准测试可以在 (Deneux et al. 2016) 中找到。 除了各个功能的帮助外，还可以在帮助浏览器中找到帮助：键入doc，然后转到“补充软件”>“ MLspike工具箱”。 请注意演示脚本 spk_demoGUI 和 spk_demo 以熟悉主要功能。 MLspike 需要 Brick 工具箱 ( http:
CaImAn:钙成像分析仪（CaImAn）由一堆用python编写的脚本组成，这些脚本放在一起可以加快对尼康NIS-Elements Advanced Research软件执行的钙成像实验的分析速度
浏览：188
5星 · 资源好评率100%
卡门 钙成像分析仪（CaImAn）v.1.73由一堆用Python 3.9编写的脚本组成，这些脚本组合在一起以加快对使用尼康公司NIS-Elements Advanced Research软件执行的钙成像实验的分析速度。 CaImAn处理单个文件以及文件夹中的多个文件。 用户只需要提供每个实验的路径和所需的参数。 它可以与NIS生成的Excel文件一起使用，也可以与模仿NIS创建的文件格式的任何
快速钙尖峰插值：钙活性归一化和快速钙尖峰插值。-matlab开发
浏览：70
该程序从钙成像数据的感兴趣区域导入荧光水平的平均值。 刺激前的基线用于将数据标准化为基线百分比和基线 Ca2+ 活性的标准偏差。 基于固定刺激间隔的重复刺激，当扫描和采样时间已知时，可以内插 Ca2+ 尖峰。 数据应为 .txt 文件，并将保存为 .tif 和 .ai 格式的图像以及 .xlsx 表中的规范化值。 该程序在一次刺激之后叠加来自重复刺激的数据，然后通过选择的插值方法对响应进行插值。
matlab批量替换代码-wholeBrainDX:用于全脑钙成像的图像分析套件
浏览：5
matlab批量替换代码作者：詹姆斯·阿克曼（James B. Ackman） 日期：2013-07-03 12:16:50 WholeBrainDX 用于全脑钙成像电影的图像分析软件（Ackman等人，2012-2014年）。 请参阅： 阿克曼（Ackman JB），曾浩（Heng H），克雷尔（Crair MC）。 2014年。整个发育中的新皮层的神经活动的结构动力学。 使用说明位于 安装 将
自适应k均值matlab代码-Explore2p:双光子钙成像数据交互分析
浏览：191
一起 k 均值 matlab 代码 探索2p :microscope: 概括 该 GUI 用于交互式探索和可视化功能成像数据（例如来自双光子“2P”显微镜）。 它方便地将流行的预处理包的输出作为输入数据。 刺激的实验记录（以及类似的行为，在未来版本中）也被导入。 在选择单元格或时间点的子集方面，可以在 GUI 中快速整理数据。 可以对可视化的确切数据子集快速连续执行不同的分析。 该平台极大地简化了
matlab如何敲代码-Zebrafish_spinal_cord_development:Zebrafish_spinal_cord_dev
浏览：65
策展（目的是为图像数据中跟踪的所有神经元提取准确的锁骨痕迹），而信号处理模块是一种全自动管道，旨在对提取的钙痕迹进行本地处理，重点是数学建模和统计数据分析。 图像处理模块的输出用作信号处理模块的输入。 ...
matlab图片叠加的代码-Begonia:星形细胞Ca2+信号的双光子成像分析管线
浏览：182
该开发的主要重点是星形细胞钙信号传导，但该软件可用于2-光子激光显微镜记录的一系列荧光指示剂。 该系统为非程序员提供了一些图形化的工作流程，并为程序员提供了一个API。 我们发现GUI工具和Matlab处理API的结合...
matlab导入excel代码-photometry-neural-data-analysis:Matlab脚本可导入和分析在TDT系统上收集
浏览：138
特定于行为的文件在特定的行为数据分析方面有所不同，但是共享用于处理测光数据和生成PSTH的通用策略。 Steinberg等人报道了一些统计和行为分析。 由于在其他程序中进行了编码，因此Neuron 2020未包含在此代码中。 ...
matlab生成维纳过程代码-EXTRACT-public:EXTRACT是用于钙成像的易于处理且功能强大的自动细胞提取工具，可从一光子和两光
浏览：50
后来，EXTRACT算法使用处理后的影片执行易于处理且鲁棒的单元格提取，从而提取出时间迹线和空间图以用于将来的数据分析。 此存储库中的EXTRACT代码提供了大部分管道（图中绿色显示）。 在需要时，我们还提供了一些...
好用的去噪代码matlab-FANTASIA-CaImAn:幻想曲-加拿大
浏览：101
该代码实现了CNMF算法，用于同时从大型钙成像电影中进行信号源提取和峰值推断。 包括更多功能（请参阅下文）。 该代码适用于体细胞成像数据的分析。 将来将增加对树突/轴突成像数据分析的改进实施。 包括的功能和...
matlab集成c代码-SCaIP:钙成像分析工具
浏览：62
Matlab集成的c代码请参考以下Wiki或阅读下面的“测试”部分 受约束的NMF 约束非负矩阵分解算法的Python转换，用于从钙成像数据中提取来源。 钙成像数据的去卷积和去混合 该代码实现了一种方法，用于同时从大型钙成像电影中进行信号源提取和峰值推断。 该代码适用于体细胞成像数据的分析。 将来将增加用于分析树突状/轴突成像数据的工具。 该算法在以下内容中有更详细的介绍 Pnevmatikaki
CaImAn:用于大规模钙成像数据分析的完整 Matlab 管道-matlab开发
浏览：110
基于约束矩阵分解方法 (CNMF) 的用于大规模钙成像数据分析的源提取和尖峰推理算法的 Matlab 实现。
CaImAn-MATLAB：完整的Matlab管道，用于大规模钙成像数据分析
浏览：27
CaImAn-MATLAB：完整的Matlab管道，用于大规模钙成像数据分析
matlab代码左移-CalBlitz:炽热的快速钙成像分析工具箱
浏览：24
matlab代码左移CalBlitz（过时，请参阅开曼群岛） 炽热的快速钙成像分析工具箱 卡尔布利兹（Calblitz）现在已过时。 请参考新包装 概要 钙成像采集技术的最新进展正在创建大约TB /周的数据集。 需要使用内存和计算效率高的算法来分析合理数量的时间TB的数据。 该项目实施了钙成像电影分析流程中所需的一组基本方法。 实现了快速且可扩展的算法，用于运动校正，电影处理和roi分割。 假定电
CaImaging:钙成像分析的通用代码
浏览：130
CaImaging:钙成像分析的通用代码
评论
收藏
内容反馈
立即下载
资源评论
资源反馈
评论星级较低，若资源使用遇到问题可联系上传者，3个工作日内问题未解决可申请退款~
联系上传者
评论
MioLee1234
粉丝: 1
资源:
1
私信
上传资源 快速赚钱
我的内容管理
展开
我的资源
快来上传第一个资源
我的收益
登录查看自己的收益
我的积分
登录查看自己的积分
我的C币
登录后查看C币余额
我的收藏
我的下载
下载帮助
前往需求广场，查看用户热搜
最新资源
java+springboot图片处理Utils类文件
AAHUANLEBAO-2字体
信贷模型数据集-信贷数据SQL
爬取Gitee码云所有提交信息
GFS安装部署 内含安装部署脚本
基于ssm(spring+springmvc+mybatis)的实验室预约系统
springboot的redis方法Utils类文件，含redis增删查方法，设置过期时间等
RibbonIcon.dll
【Springboot】Springboot基础教程及开发案例及解析
无人机视角图像双光对齐算法
资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议，欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理！
点击此处反馈
安全验证
文档复制为VIP权益，开通VIP直接复制
信息提交成功
