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CALIMA-2.0:CALIMA 2.0是用于处理钙荧光成像数据的用户友好工具
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2021-03-08
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CALIMA 2.0是基于C#和.NET的软件工具,用于分析钙荧光成像数据。 CALIMA 2.0能够识别细胞网络中的单个细胞活动,并交叉引用不同细胞的活动。 在CALIMA 1.0的源代码中已对原始荧光迹线的处理进行了修改,从而提取了DeltaF / F0迹线,以测量细胞中的钙浓度。 此外,已经简化了关于用户要设置的参数数量的算法,并且提出了关于参数空间的建议。 先前版本的CALIMA(v1.0)已发布,请引用:FDW Radstake,EAL Raaijmakers,R.Luttge,S.Zinger,JP Frimat,CALIMA:半自动开源钙成像分析仪,生物医学中的计算机方法和程序,卷179,2019,104991,ISSN 0169-2607, //doi.org/10.1016/j.cmpb.2019.104991。 ( ) 分割; 钙钉检测; 神经元网络重建。
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CALIMA-2_0-master.zip (53个子文件)
CALIMA-2.0-master
LICENSE 34KB
.gitignore 6KB
CalciumImagingAnalyser
SettingsPanel.cs 23KB
AnalysisPanel.cs 9KB
FilterPreset.cs 1KB
Program.cs 1KB
Settings.cs 3KB
TrackbarWithValueLabel.cs 22KB
Utils.cs 17KB
Enums.cs 1KB
Graphs.cs 12KB
Voronoi
license.txt 992B
Delaunay
EdgeReorderer.cs 3KB
HalfedgePriorityQueue.cs 3KB
LR.cs 383B
Halfedge.cs 3KB
Voronoi.cs 11KB
EdgeList.cs 4KB
Site.cs 10KB
SiteList.cs 2KB
Edge.cs 7KB
Triangle.cs 371B
Vertex.cs 2KB
ICoord.cs 113B
Geom
LineSegment.cs 1KB
Vector2f.cs 2KB
Polygon.cs 948B
Winding.cs 91B
Rectf.cs 732B
Circle.cs 384B
Plexiglass.cs 2KB
gtk-gui
generated.cs 561B
gui.stetic 412B
CellActivityContainer.cs 49KB
ImagePanel.cs 29KB
HelpWindow.cs 11KB
MessagePanel.cs 3KB
AnalysisWindow.cs 56KB
ImageMatrixCollection.cs 33KB
app.config 147B
Filter.cs 3KB
icon_cc0.png 15KB
ImageMatrix.cs 20KB
AnalysisWindow.cs.bak2 33KB
CalciumImagingAnalyser.csproj 6KB
MainWindow.cs 4KB
BrainCell.cs 7KB
icon_cc0.ico 162KB
ValidationCell.cs 5KB
Properties
AssemblyInfo.cs 1KB
CalciumImagingAnalyser.sln 2KB
README.md 1KB
.gitattributes 2KB
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