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matlab代码左移-CalBlitz:炽热的快速钙成像分析工具箱
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2021-05-24
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matlab代码左移CalBlitz(过时,请参阅开曼群岛) 炽热的快速钙成像分析工具箱 卡尔布利兹(Calblitz)现在已过时。 请参考新包装 概要 钙成像采集技术的最新进展正在创建大约TB /周的数据集。 需要使用内存和计算效率高的算法来分析合理数量的时间TB的数据。 该项目实施了钙成像电影分析流程中所需的一组基本方法。 实现了快速且可扩展的算法,用于运动校正,电影处理和roi分割。 假定电影是使用scanimage数据采集软件收集的,并以.tif格式存储。 在下面找到钙成像管线的示意图: 范例程式码 #%% initialization import calblitz as cb import time import pylab as pl import numpy as np initTime = time.time() filename = 'movies/demoMovie_PC.tif' filename_hdf5 = filename[:-4]+'.hdf5' #%% load and motion correct movie (see other Demo for
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CalBlitz-master.zip (53个子文件)
CalBlitz-master
.gitignore 721B
images
CaImagingPipeline.png 208KB
DemoSegmentationLowSNR.py 2KB
Demo.ipynb 15.87MB
DemoMotionCorrectionParallel.py 6KB
movies
demoMovie_CTX.tif 18.56MB
demoMovie_PC.tif 22.92MB
LICENSE 34KB
DemoNMFNCA.py 1KB
demo_test_autocomp.py 21KB
calblitz
__init__.py 303B
traces.py 4KB
motion_correction.py 9KB
motion_correction_test.py 2KB
behavior.py 9KB
utils.py 13KB
movies.py 46KB
granule_cells
utils_granule.py 44KB
__init__.py 280B
powell_graph.py 7KB
patches_pf.py 10KB
GranuleCellsIMGProcessing.py 4KB
analysis_parallel_multisession.py 71KB
granule_main.py 26KB
figures_correlation.py 6KB
process_slices.py 7KB
prepare_nice_image.py 36KB
timeseries.py 7KB
rois.py 2KB
segmentation_test.py 10KB
examples
sbxread.py 2KB
DemoMotionCorrection_martial.py 3KB
demo_cnmf_roland.py 10KB
DemoMotionCorrection_Dudi.py 2KB
DemoMotionCorrection_monkey.py 6KB
optical_flow_behavior.py 6KB
Demo1PPurkinje.py 6KB
DemoSegmentation2P_PCells.py 4KB
demo_cnmf_stefan.py 10KB
demo_cnmf_monkey.py 10KB
DemoPreprocessLabeling.py 6KB
README.md 9KB
sandbox
ExamplePipeline_Behavior.py 9KB
DemoSegmentationJG.py 6KB
PipelineBehavior.py 7KB
ExamplePipeline.py 11KB
InterfaceCompareMax.py 11KB
ExampleMotionCorrection.py 12KB
ExampleSegmentation.py 7KB
motionCorrectionCluster.py 2KB
DemoMotionCorrection.py 5KB
test_software.py 1KB
DemoSegmentation.py 6KB
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