将分块的图像拼接matlab代码-EASI-FISH:快速分析大型EASI-FISH成像数据的工具

将分块的图像拼接matlab代码EASI-FISH分析工具箱 目录 描述 该工作流程用于分析使用EASI-FISH（扩展辅助迭代荧光原位杂交）获得的大规模，多轮高分辨率图像数据。 它利用文件系统的优势，可以进行快速和并行的数据读取和写入。 它执行自动图像拼接，分布式和高精度多轮图像配准，3D细胞分割和分布式斑点检测。 我们还设想此工作流适用于分析其他基于图像的空间转录组数据。 管道 我们构建了一个独立的，高度灵活的，与平台无关的计算模块，该模块支持本地计算机和LSF计算集群上的交钥匙EASI-FISH数据分析。 该管道是免费的，开源的和模块化的。 它可以以最少的人工干预快速处理大小超过10 TB的大型数据集。 管道可用于端到端分析EASI-FISH数据集。 它将从Zeiss Z.1光学片显微镜获得的czi图像文件作为输入和输出1）不同比例的经过处理的图像数据，以及2）可以轻松用于细胞类型识别的笔录数。 该管道还提供了运行单个分析模块的选项，例如图像拼接或配准。 模组 拼接 对于大体积成像，顺序获取多个子体积（平铺），然后将计算拼接成单个大图像。 我们使用了基于Apache Spark的