微生物全基因组测序分析

本专辑为您列举一些微生物全基因组测序分析方面的下载的内容,微生物全基因组测序分析等资源。把最新最全的微生物全基因组测序分析推荐给您,让您轻松找到相关应用信息,并提供微生物全基因组测序分析下载等功能。本站致力于为用户提供更好的下载体验，如未能找到微生物全基因组测序分析相关内容，可进行网站注册，如有最新微生物全基因组测序分析相关资源信息会推送给您。

阅读全文

微生物全基因组测序分析

: 微生物的全基因组测序 (2005年) 微生物基因组测序在当今生命科学领域的研究中起着重要作用。本文通过对主要测序方法一鸟枪法的介绍,阐明了微生物全基因组序列的测定与注释在基因组学的进一步研究中的广阔领域。
评级：0 浏览量：215 收藏量：0 资源大小：3.21MB 上传时间：2021-05-19

: 微生物全基因组数据分析相关内容.mp4 微生物全基因组数据分析相关内容.mp4
评级：0 浏览量：382 收藏量：1 资源大小：63.22MB 上传时间：2021-08-05

: 病原微生物检测之16s与宏基因组 病原微生物检测之16s与宏基因组
评级：0 浏览量：306 收藏量：0 资源大小：1.56MB 上传时间：2022-03-01

: 使用QIIME 2流程分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据1 软件和数据库QIIME 2可运行的Linux/Mac四种环境任选其一：Linux服务器（推荐，适合大数据）、Windows 10子系统Ubutnu 20.04
评级：0 浏览量：740 收藏量：1 资源大小：578KB 上传时间：2022-08-08

: BugBuilder:免提微生物基因组组装 BugBuilder是一个管道，可帮助从高通量测序数据组装和注释数据库提交就绪，草稿质量的微生物基因组。它利用一系列现有工具来生成带注释的基因组组装（可选地与参考基因组对接），输出描述已组装重叠群的EMBL格式...
评级：0 浏览量：79 收藏量：0 资源大小：2.27MB 上传时间：2021-05-02

: 2003554使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据_final1 摘要：QIIME是目前微生物组扩增子分析领域使用最广泛的流程(软件)，论文发表10年已经被引用超2万次。虽然QIIME的推出在微生物组数据分析领域具有里程碑意义
评级：0 浏览量：497 收藏量：2 资源大小：720KB 上传时间：2022-08-08

: Iontorrent微生物(细菌)全基因组重测序文库构建实验方案.pdf Iontorrent微生物(细菌)全基因组重测序文库构建实验方案.pdf
评级：0 浏览量：131 收藏量：0 资源大小：172KB 上传时间：2021-10-30

: RothSchulze_pregnancy-gut-microbiome-T1D:妊娠期间有和没有T1D的妇女在微生物组全基因组测序数据中进行的... 有关用于对整个宏基因组学测序数据进行分析的每个文件的内容的详细信息： Metagenomics_Alpha_and_Beta_diversity_analysis.Rmd ：R降价脚本，其中包含用于分析分类法和功能宏基因组学数据的alpha和beta多样性的...
评级：0 浏览量：54 收藏量：0 资源大小：12.77MB 上传时间：2021-05-04

: Ion torrent微生物(细菌)全基因组重测序文库构建实验方案.pdf Ion torrent微生物(细菌)全基因组重测序文库构建实验方案.pdf
评级：0 浏览量：162 收藏量：0 资源大小：198KB 上传时间：2021-10-30

: PangenomeVis:交互式，基于JavaScript的微生物全基因组图浏览器交互式，基于JavaScript的微生物全基因组图浏览器变异发现主要是通过在感兴趣的样本与其参考样本仅略有不同的假设下将样本基因组与单个规范参考基因组进行比较来进行的。但是，许多病原体如此Swift地使他们的...
评级：0 浏览量：83 收藏量：0 资源大小：39.71MB 上传时间：2021-05-10

: 随机宏基因组测序数据质量控制和去宿主的分析流程和常见问题2009231 摘要:随机宏基因组测序，也称鸟枪法宏基因组测序，是指对环境样品的总DNA进行高通量测序以获得微生物群落的物种组成及其潜在功能，抑或通过序列拼接和分箱得到其微生物
评级：0 浏览量：112 收藏量：0 资源大小：1.2MB 上传时间：2022-08-08

: 宏基因组大数据分析的质量控制流程规范宏基因组数据具有数据量大...详细描述了宏基因组数据的质量控制流程，包括元数据和测序数据的信息检查、低质量片段的过滤等过程，从而为宏基因组数据分析提供了预处理的规范，这将为微生物组大数据分析提供坚实的基础。
评级：0 浏览量：225 收藏量：0 资源大小：1.11MB 上传时间：2021-01-20

: kaiju:使用蛋白质参考数据库对宏基因组测序读数进行快速分类分类开重作者：彼得·门泽尔（Peter Menzel）安德斯·克罗（Anders Krogh） Kaiju是一个程序，用于从宏基因组DNA的全基因组测序中对高通量测序读段（例如Illumina或Roche / 454）进行分类分类。使用NCBI分类法和来自...
评级：0 浏览量：651 收藏量：0 资源大小：554KB 上传时间：2021-05-13

: 蓝藻绽放的元基因组数据分析的当前趋势这种类型的研究非常有价值且很重要，同时致力于整合和协调主要侧重于环境因素控制的传统方法，以及通过机器学习技术实现的揭示微生物群落结构和多样性的元基因组学方法，对蓝藻水华的成因和控制进行全面，更全面的...
评级：0 浏览量：86 收藏量：0 资源大小：659KB 上传时间：2020-06-04

: metasort:通过减少微生物群落的元基因组组装者-开源当前大多数方法都是在参考基因组的参与下分析宏基因组学数据。然而，新型的微生物群落远远超出了参考数据库的范围，而复杂微生物群落的从头基因组组装仍然是一个巨大的挑战。在这里，我们介绍了一种新颖的实验和...
评级：0 浏览量：64 收藏量：0 资源大小：32.64MB 上传时间：2021-04-29

: biogas_metagenome_binning:perl脚本从元基因组装配中提取微生物基因组-开源从分箱过程中提取的微生物基因组通常被称为“基因组箱”，以将其与从细菌克隆的测序和组装中获得的微生物基因组区分开。在此项目中，我们报告了一组专门为分箱过程设计的perl脚本。他们中的一些人被开发为以自动...
评级：0 浏览量：74 收藏量：0 资源大小：137.72MB 上传时间：2021-05-26

: GSMer:使用基因组特异性标记鉴定基因组中的菌种 GSMer GSMer致力于使用基于k-mer的方法从当前测序的微生物基因组中鉴定基因组特异性标记（GSM）。探索的GSM可以用于鉴定元基因组中的微生物菌株/物种，特别是在人类微生物组中，其中有许多参考基因组可用。当前...
评级：0 浏览量：90 收藏量：0 资源大小：29.49MB 上传时间：2021-05-15

: MetaBGC:利用人类微生物组化学库的宏基因组学策略 MetaBGC是一种基于读取的算法，可直接在宏基因组测序数据中检测生物合成基因簇（BGC）。出版物有关详细说明和有关引用MetaBGC的信息，请参见。入门这些说明将使您设置为在本地Linux或Apple环境中运行MetaBGC。 ...
评级：0 浏览量：258 收藏量：1 资源大小：34.46MB 上传时间：2021-04-03

: 论文研究 - 基于临床的粪便微生物组收集技术的比较，以提高研究参与度和微生物组分析的利用我们通过利用标准护理数字直肠检查（DRE）的手套和在临床护理环境中收集的前列腺癌前活检细菌直肠培养物中的直肠拭子，比较了粪便标本用于DNA提取和粪便微生物组分析的采集技术。与手套技术相比，拭子技术的DNA产量...
评级：0 浏览量：92 收藏量：0 资源大小：420KB 上传时间：2020-05-22

: 论文研究 - 粪便储存时间和温度对微生物组成和稳定蝇（双翅目：蝇科）发育的影响在这项研究中，对粪便的储存条件进行了评估，以确定温度如何影响稳定的果蝇，Stomoxys calcitrans L.，化p的存活率并使用大规模平行测序和16S宏基因组学分析确定哪些细菌种群影响果蝇的发育。与新鲜粪便样品相比，...
评级：0 浏览量：165 收藏量：0 资源大小：5.01MB 上传时间：2020-05-22

: NICU_Microbiome_Study:微生物组分析和相关数据对于文库制备，我们使用Index Kit v2 C和Platinum:trade_mark:SuperFi:trade_mark:PCR Master Mix遵循Illumina宏基因组学文库制备方案。对于测序，我们将MiSeq试剂盒V3与Illumina MiSeq系统结合使用，以785F /
评级：0 浏览量：70 收藏量：0 资源大小：1.54MB 上传时间：2021-03-15

: GASiC:基因组丰度相似度校正-开源基于测序的宏基因组学分析的目标之一是对微生物群落组成的定量生物分类学评估。但是，大多数方法要么以较低的分辨率（例如在门水平）进行量化，要么存在识别高度相似物种的严重问题。但是，在宏基因组学诊断或社区...
评级：0 浏览量：93 收藏量：0 资源大小：866.9MB 上传时间：2021-04-28

: 基于宏基因组方法对西藏传统发酵牦牛奶中微生物多样性的研究 (2012年) 采用454高通量测序技术从宏基因组角度对西藏地区自然发酵托牛奶中微生物多样性进行分析,以细菌16SrRNA的V3区和真菌的ITS区序列为扩增、测序靶点,分别获得3051和3396条高质量序列。研究发现,西藏自然发酵托牛奶样品中...
评级：0 浏览量：89 收藏量：1 资源大小：2.94MB 上传时间：2021-05-06

: shovill::high_voltage::spade_suit: 从 Illumina 双端读取组装细菌分离基因组 SPAdes 基因组组装器已成为 Illumina 细菌和其他小型微生物全基因组测序数据的事实上的标准从头基因组组装器。 SPAdes 是对 Velvet 等以前的组装器的重大改进，但它的一些组件可能很慢，而且传统上不能很好地处理...
评级：0 浏览量：299 收藏量：1 资源大小：5.96MB 上传时间：2021-05-29

: burrito:用于宏基因组数据的探索性数据分析的可视化工具 微生物组测序研究通常着重于两个相关但独立的问题：1）存在哪些微生物分类群； 2）存在哪些遗传功能？ BURRITO是一种可视化工具，旨在促进微生物组数据集中的分类和功能探索。 BURRITO可以从16S rRNA OTU数据估算...
评级：0 浏览量：180 收藏量：0 资源大小：12.8MB 上传时间：2021-05-14

: 基因芯片技术随着人类基因组（测序）计划（Human genome project）的逐步实施以及分子生物学相关学科的迅猛发展，越来越多的动植物、微生物基因组序列得到测定。其中，序列信息全部已知的微生物就有11 种，其它几类生物包括大肠...
评级：0 浏览量：167 收藏量：0 资源大小：128KB 上传时间：2020-12-13

: jcmDNAtools：基于pythonpandas的实用程序，用于分析高通量DNA测序数据我将NLP分类器代码与生物信息学代码结合在一起，以识别参考基因组中重复出现的DNA图案，并训练神经网络在两个样本之间进行分类。 1.learnMotifs.py研究了两个参考基因组并确定了指定长度的前100个重复基序 2....
评级：0 浏览量：153 收藏量：0 资源大小：14.68MB 上传时间：2021-02-21

: 沁水煤田赵庄矿区煤微生物产甲烷能力分析以煤地质微生物产甲烷理论为基础,采取本矿区煤层气井水,在荧光显微镜及古菌16s r DNA V6高变区宏基因组测序验证菌源可靠性后,采用厌氧培养的方法,分别在小型玻璃瓶和中型发酵罐中开展了为期49 d的煤炭生物转化模拟...
评级：0 浏览量：55 收藏量：0 资源大小：1.23MB 上传时间：2020-04-23

: 女皇：用于微生物组数据分析的快速，可扩展的系统树浏览器例如，您可以查看从16S rRNA标记基因测序数据生成的树，或使用（）LC-MS数据的代谢树。 Empress支持分类的新功能，例如动画和与排序图的集成，以及已建立的树查看器共有的功能（例如，元数据着色，分支折叠和...
评级：0 浏览量：122 收藏量：0 资源大小：7.52MB 上传时间：2021-02-18

: physalia_metagenomics:环境宏基因组学，2021年Spring，Physalia课程环境宏基因组学讲师赫尔辛基大学Antti Karkman博士赫尔辛基大学Igor Pessi博士概述元基因组学是分析微生物群落的一种广泛使用的工具，因为它可以访问未经培养的微生物的基因组。特别是在复杂的生态系统（例如土壤）...
评级：0 浏览量：74 收藏量：0 资源大小：13.46MB 上传时间：2021-04-19

: MaxBin:自动分类宏基因组学序列的工具-开源用户只需提供组装的宏基因组序列和读段覆盖信息或测序读段，就可以了解其元基因组中微生物的潜在库（基因组）。为了方便用户，MaxBin将在分箱摘要页面中报告与基因组相关的统计信息，包括估计的完整性，GC含量和...
评级：0 浏览量：447 收藏量：1 资源大小：3.52MB 上传时间：2021-04-29

: riboFR-seq:将16S rRNA扩增子图谱与基因组相关联的新方法-开源 16S rRNA扩增子分析和shot弹枪基因组测序是探索各种微生物群落遗传景观的两种主要的与文化无关的策略。最近，许多研究一起使用了这两种方法，但是下游数据分析是分开进行的，这总是在分类和功能分类上产生不一致或...
评级：0 浏览量：114 收藏量：0 资源大小：53.27MB 上传时间：2021-04-30

: 论文研究 - 细菌重金属抗性基因和生物修复潜力在这里使用生物信息学方法来鉴定与重金属耐受性相关的基因在目前可在NCBI数据库中获得的测序细菌基因组中的分布。这些基因在细菌的不同组之间的分布以及直系同源簇（COG）的特征进一步得到了表征。在所有细菌物种...
评级：0 浏览量：335 收藏量：0 资源大小：1.08MB 上传时间：2020-05-23

: AncientMetagenomeDir:包含所有已出版的古代元基因组样本（及相关样本）列表的存储库 AncientMetagenomeDir是社区管理的资源，其中列出了所有已出版的shot弹枪测序的古代元基因组或微生物基因组水平的丰富样本。它的主要目的是充当参考指南，以帮助研究人员针对任何相关公共数据进行比较分析。希望它...
评级：0 浏览量：43 收藏量：0 资源大小：21.67MB 上传时间：2021-03-15

: MicrobiomeStatPlot:微生物图的解释和可视化众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人 MicrobiomeStatPlot Interpretation and visualization of microbiome charts 高通量测序的发展极大地推动了微生物组/宏基因组领域的...
评级：0 浏览量：391 收藏量：0 资源大小：168.7MB 上传时间：2021-04-22

: Corona:这是Peacock等人进行的分析代码。（2021）自然微生物学为了发现刺突缺失，我于16/9/2020从GISAID（）下载了总共100,690个SARS-CoV-2基因组，并使用Geneious将它们与刺突蛋白对齐至234bp。这提供了文件subseqs_09-16-20.fasta，该文件可以作为此存储库中的压缩文件使用。...
评级：0 浏览量：48 收藏量：0 资源大小：604KB 上传时间：2021-03-18

: rapt:阅读组装和注释管线工具阅读组装和注释管道工具（RAPT） RAPT是一种NCBI管道，设计用于组装和注释从细菌或古细菌分离物中获得的短基因组测序读数。 RAPT由两个主要组件组成，即和。 SKESA是基于DeBruijn图的微生物基因组从头组装商。 PGAP...
评级：0 浏览量：141 收藏量：0 资源大小：193KB 上传时间：2021-03-20

: GH3家族新型海洋微生物β-葡萄糖苷酶基因的克隆、表达及重组酶性质研究 GH3家族新型海洋微生物β-葡萄糖苷酶基因的克隆、表达及重组酶性质研究，刘娟娟，方泽民，从中国南海表层海水微生物宏基因组文库筛选到一β-葡萄糖苷酶阳性克隆pSB16D15，经亚克隆测序分析鉴定其含一新型GH3家族β-...
评级：0 浏览量：121 收藏量：0 资源大小：439KB 上传时间：2020-02-25

: 论文研究 - 16S rRNA元条形码对热带暖春菌群的分析使用MiSeq Illumina下一代测序方案，对16S rRNA基因库的V3-V4区域进行了测序，并通过QIIME（微生物生态学定量分析）和R软件进行了分析。所有序列中至少有11％（47,446）是所用数据库中未知的。两个泉源的细菌多样...
评级：0 浏览量：129 收藏量：0 资源大小：2.64MB 上传时间：2020-05-14

: The-Human-Microbiome-:人体微生物组项目是由美国国立卫生研究院（NIH）资助的项目，旨在表征微生物在人体... 人类微生物组人体微生物组项目是由美国国立卫生研究院（NIH）资助的项目，旨在表征微生物在人体中... 从300名健康成年人的18个不同身体部位收集样品，然后对16S细菌标记基因进行测序和/或对整个元基因组shot弹枪测序。
评级：0 浏览量：112 收藏量：0 资源大小：285KB 上传时间：2021-04-22

: 颜色分类leetcode-Metatranscriptome-Workshop:元转录组学教程删除宿主读数（如果探索宿主存在问题的微生物组）。尽管使用了 rRNA 去除试剂盒，但去除了通常在元转录组数据集中占主导地位的丰富 rRNA 序列。将在步骤 2 中删除的重复读取添加回数据集以提高程序集的质量。将...
评级：0 浏览量：67 收藏量：0 资源大小：13KB 上传时间：2021-07-06

: ScINO1基因克隆及酵母多基因多拷贝整合表达载体的构建 (2012年) 利用PCR技术,以酿酒酵母S288c的基因组DNA为模板,扩增酿酒酵母肌醇-1-磷酸合成酶基因(ScINO1)包含1602 bp的开放读码框,克隆后经PCR和酶切反应进行了鉴定,测序结果与GenBank上已登录的ScINO1序列完全一致.对PUG6载体...
评级：0 浏览量：109 收藏量：0 资源大小：483KB 上传时间：2021-05-18

: leprosy_amg_network:单细胞和空间转录组学定义了人类麻风肉芽肿中抗菌React网络的细胞结构。我们确定了一组编码抗微生物React蛋白的基因，这些基因在RR与L-lep病变中差异表达，并受IFN-g和IL-1b调控。通过整合关键细胞类型的空间坐标和RR和T-lep病变中的抗菌素基因表达，我们绘制了一张图，揭示了肉芽肿的...
评级：0 浏览量：91 收藏量：0 资源大小：10.33MB 上传时间：2021-04-24

: 论文研究 - 的分子鉴定使用flaA基因确认弯曲杆菌，空肠弯曲菌使用马尿酸酶O，大肠杆菌弯曲杆菌使用天冬氨酸激酶基因，并通过PCR对单基因座glnA基因进行测序。通过PCR从57个弯曲杆菌菌株中扩增了25份样品，这些菌株对815份带腹泻的粪便...
评级：0 浏览量：100 收藏量：0 资源大小：456KB 上传时间：2020-05-23

: java8看不到源码-Group_1-Reproducible-CCBG-pipeline:Group_1-Reproducible-CCBG 的应用范围从微生物基因组组装到癌症变异发现和转录亚型鉴定。其他研究结合了 illumina 生成的短读长和 MinION 生成的长读长，以组装环状细菌基因组。然而，在没有短读长的情况下，可以单独使用 MinION 长读长以...
评级：0 浏览量：60 收藏量：0 资源大小：59KB 上传时间：2021-06-04

: corncob:β-二项式相关观察的计数回归 corncob方法是专门为基于高通量测序数据（例如16S或全基因组测序）而对微生物丰度进行建模而开发的。安装要下载玉米芯包装，请使用下面的代码。 install.packages( " corncob " )library( corncob ) 或者，您可以...
评级：0 浏览量：60 收藏量：1 资源大小：1.24MB 上传时间：2021-05-06

: 2015-biogas-cebitec:Bremges等。（2015）。 GigaScience，4岁农业生产规模的沼气厂中产生沼气的微生物群落的深度测序元基因组和转录组Bremges等。（2015年）。 GigaScience ，4：33。数据可用性原始测序数据可从欧洲核苷酸档案库（ENA）中以研究入藏号。支持结果的数据集可...
评级：0 浏览量：48 收藏量：0 资源大小：216MB 上传时间：2021-05-18

: unseenbio_metaGEM 展示如何使用metaGEM工作流，利用从看不见的生物在家测试试剂盒中获得的整个元基因组shot弹枪测序数据来探索人的肠道微生物组。于2020年9月28日和10月21日发送了Unseenbio测试试剂盒进行测序，得到了两个101 bp的...
评级：0 浏览量：84 收藏量：0 资源大小：7KB 上传时间：2021-02-11

: KMV的MATLAB的代码-hulk:使用LittleKmers进行组织素描 HULK是一种可从流式微生物组测序数据创建小的固定大小草图的工具，可进行快速宏基因组差异分析。 HULK从FASTQ数据流中近似一个a，对其进行渐进式草图绘制，并针对其他微生物组草图进行相似性搜索查询。 HULK通过从...
评级：0 浏览量：73 收藏量：0 资源大小：3.83MB 上传时间：2021-05-26

: ROP : Read origin protocol:ROP 是一种计算协议，用于发现所有读取的来源-开源我们的方法输出的未映射读数的“垃圾箱潜水”配置文件不仅限于 RNA-Seq 技术，还可应用于全外显子组和全基因组测序。更多详情请参见：https://sergheimangul.wordpress.com/rop/ ROP 教程：...
评级：0 浏览量：113 收藏量：0 资源大小：344.12MB 上传时间：2021-07-23

资源推荐

相关资源标签

首发论文行业研究粪微生物 16S元基因组学粪便微生物组采集技术直肠指检 rRNA基因测序生物修复聚合酶链反应（PCR）身份证明有害藻类元基因组学机器学习环境因素 rRNA 淡水生态系统 visualization bioinformatics microbiome qiime JavaScript Python HTML genome-annotation Shell JupyterNotebook 开源软件 Perl 自然科学论文 taxonomy metagenomics 系统开源 pipelines 微生物资源数据集微生物全基因组测序分析生信服务生信分析宏基因组高通量测序