unseenbio_metaGEM

工作流程应用于样品 目的 展示如何使用metaGEM工作流，利用从看不见的生物在家测试试剂盒中获得的整个元基因组shot弹枪测序数据来探索人的肠道微生物组。 于2020年9月28日和10月21日发送了Unseenbio测试试剂盒进行测序，得到了两个101 bp的配对末端读段，其ID为S2772Nr1和S2772Nr3。 metaGEM工作流程 metaGEM设置 使用读取质量过滤器 组装 具有 ， 和 使用优化和重组垃圾箱 分类分配 和相对丰度 使用重建和评估基因组规模的代谢模型并进行 使用物种代谢耦合分析 使用估算增长率 与泛基因组分析 与和真核 硬件 该工作流在欧洲分子生物学实验室（EMBL）高性能计算集群上执行。 0. metaGEM设置 从库中获取5个主要帮助文件： metaGEM_env.yml：conda环境收件人。 Snakefile：包含metaGEM工作流程说明。