全基因组共表达网络

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全基因组共表达网络

: 胃癌分子亚型中候选靶向基因的鉴定基于基因表达水平，我们分别构建了针对胃癌的浸润，增殖和代谢亚型的全基因组共表达网络。通过分层聚类得到子网络，通过对子网络的分析得到亚型的集线器基因集。通过亚型之间的比较分析获得了独特的差异表达基因...
评级：0 浏览量：89 收藏量：0 资源大小：422KB 上传时间：2020-06-05

: RUN-WGCNA:包装程序R脚本，用于执行加权基因共表达网络分析（WGCNA）尽管它可以应用于大多数高维数据集，但已在基因组学应用中得到最广泛的使用。 WGCNA方法在分析基因表达数据方面具有非常强大的功能，以获得典型的差异表达实验无法获得的结果和见解。可以使用的WGCNA R包来实现...
评级：0 浏览量：1074 收藏量：1 资源大小：3.72MB 上传时间：2021-05-19

: 整合基因表达，全基因组DNA甲基化和基因网络以预测卵巢癌的临床结局整合基因表达，全基因组DNA甲基化和基因网络以预测卵巢癌的临床结局
评级：0 浏览量：58 收藏量：0 资源大小：693KB 上传时间：2021-04-14

: 使用R创建基于基因网络的可视化用igragh和ggraph包绘制美观的蛋白互作网络图导入数据、处理数据、创建图形以及添加自定义样式和标签，以便更好地理解基因之间的相互作用关系和差异表达情况。
评级：0 浏览量：57 收藏量：0 资源大小：3KB 上传时间：2023-10-22

: 基于复杂网络的胃癌关键基因筛选与分析通过分析胃癌ⅡB 期样本组与胃癌ⅢA期样本组的基因变化率，建立节点（基因）间的连边关系，从而构建了胃癌恶化过程的基因表达网络。引入综合中心性指标对网络进行分析，筛选出 17个综合中心指数较高的基因。应用复杂...
评级：0 浏览量：172 收藏量：1 资源大小：677KB 上传时间：2021-03-08

: 表达相关的转录因子相互作用模式同时，利用WGCNA（Weighted Correlation Network Analysis）构建了转录因子的共调控网络，发现高表达基因集合的转录因子调控网络中的一些子网模式与WGCNA构建的共调控模块得到对照．最终在高表达基因转录因子相互...
评级：0 浏览量：302 收藏量：1 资源大小：1.56MB 上传时间：2021-03-07

: Balrog:通过基因表达的细菌注释通过基因表达的细菌注释概述Balrog是基于时间卷积网络的原核基因发现者。我们采用了一种数据驱动的方法来寻找原核基因，这取决于已经测序的基因组的庞大而多样的集合。通过在来自许多不同物种的蛋白质序列上训练...
评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：151.77MB 上传时间：2021-05-26

: egem:表观基因组规模代谢模型用于癌症代谢表观基因组代谢模型表观基因组规模的代谢网络模型（EGEM）预测代谢改变对组蛋白乙酰化的影响，组蛋白乙酰化是影响基因表达的主要表观基因组修饰。将基因组规模的代谢建模与表观基因组整合在一起的评论刊物
评级：0 浏览量：95 收藏量：0 资源大小：80.83MB 上传时间：2021-05-03

: 差异基因表达模块及其识别算法差异基因表达模块及其识别算法，古槿，，差异基因表达模块是指在两组或者多组条件下，基因网络中总体表达量显著差异的子网，且子网内的基因在网络中紧密相连。差异基因表
评级：0 浏览量：206 收藏量：0 资源大小：230KB 上传时间：2020-01-03

: GAIN-GTEx：带有生成对抗性插补网络的基因表达插补带有生成对抗性插补网络（GAIN-GTEx）的基因表达插补该存储库包含论文《的代码作者： RamonViñas，Tiago Azevedo，Eric R. Gamazon和PietroLiò 抽象的基本生物学意义的问题是，基因子集的表达可在多大程度上...
评级：0 浏览量：381 收藏量：1 资源大小：1.07MB 上传时间：2021-02-13

: matlab代码影响-SINGE:从伪颞单细胞基因表达数据重建基因调控网络从伪时态单细胞基因表达数据重建基因调控网络。 SINGE算法的独立MATLAB实现。该代码已在Linux上的MATLAB R2014b和R2018a，macOS上的MATLAB R2020a和Windows上的MATLAB R2018a上进行了测试。该软件以前称为SCINGE，...
评级：0 浏览量：91 收藏量：0 资源大小：10.83MB 上传时间：2021-05-22

: IntegrativeAnalysis:用于整合基因组数据分析的R代码 Denis和MG Tadesse在生物信息学论文“用于综合基因组分析的层次模型的评估”中提出的综合基因组模型。 R代码： MainFunction.R-集成模型的主要功能，允许CNV甲基化缔合MainFunction-noCNVmethyl.R-无CNV甲基化关联...
评级：0 浏览量：162 收藏量：1 资源大小：1.05MB 上传时间：2021-05-02

: 数据融合matlab代码-TBN_learning:TBN_learning是MATLAB实施的混合算法，用于在全基因组范围内学习转录... “用于学习全基因组转录调控网络的基于贝叶斯数据融合的方法”是免费软件：您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可的条款（版本3或更高版本）重新分发和/或修改它。许可，或（根据您的选择）任何更高版本。 ...
评级：0 浏览量：329 收藏量：1 资源大小：909KB 上传时间：2021-05-22

: 蛋白质网络、基因测序相关数据分析.zip 蛋白质网络、基因测序相关数据分析蛋白质是生物体中普遍存在的一类重要生物大分子，由天然氨基酸通过肽键连接而成。它具有复杂的分子结构和特定的生物功能，是表达生物遗传性状的一类主要物质。蛋白质的结构可分为...
评级：0 浏览量：9 收藏量：0 资源大小：1.09MB 上传时间：2024-05-20

: 论文研究-融合PPI网络和基因表达的复合物识别算法.pdf 从大规模相互作用网络中识别蛋白质复合物，对解释特定的生物进程和预测蛋白质功能具有重要作用，同时也是后基因组时代一个最重要的研究课题. 考虑到传统仅基于蛋白质...
评级：0 浏览量：140 收藏量：1 资源大小：735KB 上传时间：2019-09-20

: 基因调控网络研究进展 (2013年) 近些年来，很多物种全基因组测序的完成、高通量实验技术的发展以及高性能分子生物学工具的应用，使得构建一个复杂和相对完整的基因调控网络成为可能，从而使绘制整个活细胞内各种基因表达的调控网络成为当前研究的...
评级：0 浏览量：97 收藏量：0 资源大小：367KB 上传时间：2021-04-23

: matlab代码cox-scTenifoldNet:AR/MATLAB软件包，用于从单细胞转录组数据构建和比较基因调控网络 scTenifoldNet使用主成分回归，张量分解和流形比对来准确识别甚至微妙转移的基因表达程序。安装： scTenifoldNet可通过CRAN存储库获得，您可以使用以下命令安装scTenifoldNet ： install.packages('scTenifoldNet')...
评级：0 浏览量：153 收藏量：0 资源大小：805.44MB 上传时间：2021-05-23

: 探索矩阵分解技术，用于阿尔茨海默氏病微阵列基因表达数据的重要基因鉴定背景高通量DNA微阵列技术的广泛使用为人类转录组提供了数百到数千个基因的详细视图。尽管生物医学研究人员通常设计微阵列实验来探索特定的生物学环境，但基因之间的关系却难以识别，因为它们是复杂且嘈杂的高维数据...
评级：0 浏览量：121 收藏量：0 资源大小：640KB 上传时间：2021-02-23

: BP神经网络和蚁群算法在防灾产品优化中的应用通过研究产品需求动态变化的计算机理,给出了产品的可变长基因表达方法;根据产品功能与结构之间的相互关系,给出了产品的相关矩阵;采用BP神经网络方法计算相关矩阵的参数值;并且将结构组合方式看成是蚂蚁走过的路径,...
评级：0 浏览量：120 收藏量：1 资源大小：238KB 上传时间：2020-06-28

: PPIXpress:转录本表达中的特定蛋白质相互作用网络-开源由于将网络简化为表达基因的子集仅会刮擦高等生物的调控能力，因此我们提出了先进的方法PPIXpress，该方法可利用转录本水平的表达数据，从而能够揭示基因组中的变化。选择性剪接引起的蛋白质连接性。原始出版物可...
评级：0 浏览量：104 收藏量：0 资源大小：17.3MB 上传时间：2021-04-29

: 基于差分网络模型的复杂疾病个性化功能失调基因网络的分解该模型对差异信息（即差异评分（DEVC））使用类似统计的新度量，以重建正常和患病样本组之间的差异表达网络。并进一步定量评估每个人在患者专用网络中的不同特征基因。这种基于DEVC的差异表达网络（DEVC-net）已...
评级：0 浏览量：41 收藏量：0 资源大小：2.02MB 上传时间：2021-03-24

: 通过整合体细胞突变，拷贝数变异和基因表达数据鉴定突变的核心癌症模块类似地，从表达矩阵生成加权表达网络，其中顶点和边缘权重分别对应于基因突变对其他基因的影响以及与基因突变相关的表达的皮尔逊相关性。然后，通过将这两个网络进一步组合而获得一个集成网络，并通过使用优化模型...
评级：0 浏览量：613 收藏量：3 资源大小：1.86MB 上传时间：2021-04-14

: 层次分析matlab代码-gene-network-CCC:MATLAB代码可根据基因表达数据为给定的表型组和基因集计算表型相关... 层次分析matlab代码基因网络 MATLAB代码可根据基因表达数据为给定的表型组和基因集计算...“基因表达网络中的层次组织分析揭示了炎症性乳腺癌的集体肿瘤细胞传播和转移侵略性的基本原理。” 肿瘤学前沿8（2018）：244。
评级：0 浏览量：122 收藏量：1 资源大小：3KB 上传时间：2021-05-23

: drugseqr：用于探索和组合scRNA-seq数据并搜索与基因表达特征相反的CMAP02L1000化合物的GUI drugeqr（ drug-seek-R ）是一个端到端（ fastq.gz >途径，差异表达，细胞类型反卷积和连接映射）网络应用程序，用于批量和10X单细胞RNA-Seq数据集。本地安装和设置 # install install.packages( ' remotes ' ) ...
评级：0 浏览量：157 收藏量：1 资源大小：5.14MB 上传时间：2021-02-09

: 使用GeNeTool的起点将是一个基因调控网络（GRN），该网络由一组调控基因以及它们之间的调控相互作用组成。... 使用GeNeTool的起点将是一个基因调控网络（GRN），该网络由一组调控基因以及它们之间的调控相互作用组成。如果此GRN基于实验数据，则GeNeTool将允许您将使用从GRN模型获得的信息计算出的基因表达与观察到的相同...
评级：0 浏览量：252 收藏量：2 资源大小：2.27MB 上传时间：2021-05-02

: SCENICprotocol:可扩展的SCENIC工作流程，用于单细胞基因调控网络分析可扩展的SCENIC工作流程，用于单细胞基因调控网络分析该存储库描述了如何对单细胞数据运行pySCENIC...PBMC 10k数据集（10x基因组学）完整的SCENIC分析，以及过滤，群集，可视化和SCope就绪的织机文件创建： | SCEN
评级：0 浏览量：701 收藏量：0 资源大小：143.29MB 上传时间：2021-05-02

: α2，8-唾液酸转移酶VI过量表达影响小鼠乳腺癌细胞基因表达的研究* (2010年) 采用全基因组芯片技术检测ST8Sia VI过表达前后小鼠乳腺癌细胞4T1基因表达谱的差异；利用PathwayExplorer分析ST8SiaⅥ过表达前后对基因网络的影响。实验结果表明：ST8SiaⅥ过表达引起201个基因表达有差异，其中22个...
评级：0 浏览量：41 收藏量：0 资源大小：482KB 上传时间：2021-04-29

: miRDriver:用于推断癌症中拷贝数衍生的miRNA基因网络的计算工具 miRDriver R包miRDriver使用GISTIC识别... 我们对来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库的乳腺癌和卵巢癌数据进行了miRDriver测试。请遵循R文件夹中的源代码。 miRDriver正在建设中，将作为Bioconductor R软件包发布
评级：0 浏览量：88 收藏量：0 资源大小：1.66MB 上传时间：2021-03-14

: GSPLS:小样本的多组学数据中基因型与表型的联系 GSPLS 小样本的多组学数据中基因型与表型的联系我的代码由六个R文件组成，每个文件的代码功能如下：1.GeneAnalysis.R 基因数据预处理，将Affymetric探针名称转换为Gene Symbol，如果存在相同的基因名称，则取基因...
评级：0 浏览量：153 收藏量：0 资源大小：5KB 上传时间：2021-04-17

: matlab如何敲代码-twn_tsn:转录组范围内的网络全转录组网络（TWN）转录组范围的网络（TWN）是共同构成了总表达量和同种型比的无向网络。重构TWN的代码位于twn文件夹（在此称为twn目录）中。安装此处的所有脚本都是使用matlab 2013a和R 3.1.1在Linux环境中...
评级：0 浏览量：119 收藏量：0 资源大小：21KB 上传时间：2021-05-23

: 光谱匹配matlab代码-Muscari:MUSCARI（多任务谱聚类算法）穆斯卡里（Muscari）是一种新的基于多任务图的聚类算法，通过使用物种与物种之间的系统发育关系，共同从物种特定的全基因组共表达网络中跨物种识别基因共表达模块（或子网络）。共表达矩阵的基于图的性质。穆斯卡里...
评级：0 浏览量：251 收藏量：1 资源大小：10.13MB 上传时间：2021-05-25

: arboreto:使用基于树的集成回归器进行基因调控网络推断的基于python的可扩展框架从基因表达数据推断出基因调控网络（GRN）是一项计算量巨大的任务，由于高通量基因分析技术的发展，数据量的增加使这一问题变得更加严重。软件库通过提供一种计算策略来解决此问题，该策略允许在从单台计算机到多...
评级：0 浏览量：170 收藏量：0 资源大小：63.3MB 上传时间：2021-05-23

: 关于布尔控制网络的能观性和能检性的研究现状该模型将细胞内(或特定一个基因组内)基因与基因之间的相互作用关系量化,系统的状态和函数直接反应基因表达、复制、转录等生命活动,在新的数学工具矩阵半张量积的帮助下,取得了许多优秀成果.近些年,国内外病毒疫情...
评级：0 浏览量：75 收藏量：0 资源大小：441KB 上传时间：2021-01-12

: circrna:circRNA定量，差异表达分析和miRNA靶标预测RNA-Seq数据 nf-core / circrna是一种生物信息学流水线，用于定量，miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析（当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据，已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37， GRCh38 v34）。...
评级：5 浏览量：1314 收藏量：0 资源大小：990KB 上传时间：2021-03-11

: PANDA:在网络之间传递属性以进行数据同化-开源 PANDA 整合了多种生物数据来源，包括蛋白质-蛋白质相互作用、基因表达和序列基序信息，以重建全基因组、特定条件的调控网络。 PANDA 还提供其他编程语言，包括： MATLAB/Octave：(1) ...
评级：0 浏览量：76 收藏量：0 资源大小：62.27MB 上传时间：2021-06-29

: 用于基因芯片数据分析的模块性图聚类方法 (2013年) 图聚类是一种重要的聚类算法,可有效应用...采用一组基因组表达数据,将该方法和其他4种常用聚类方法(经典图聚类、k均值、SOM及Fuzzy算法)进行比较,结果表明:该方法在聚类过程中的平均类间重叠度和FOM′值总体上优于其他
评级：0 浏览量：61 收藏量：0 资源大小：727KB 上传时间：2021-06-01

: NetworkInference.jl:从数据推断无向网络的方法注意事项：该软件包最初是为使用基因表达数据来推断生物网络而编写的，因此使用“网络”而不是“图形”。但是，这些方法可以应用于其他类型的数据。当前实现了四种网络推理算法（MI，CLR，PUC和PIDC，在），但...
评级：0 浏览量：73 收藏量：0 资源大小：29KB 上传时间：2021-03-17

: AMBIENT:使用高通量数据在代谢网络中查找活动模块-开源重要说明：自从AMBENT方法在BMC Sys Bio中发布以来，已经进行了多次更新。如果要使用本文中使用的版本，则为v0.6.3，但是我建议使用最新... 这为途径/基因组富集分析提供了一种替代方法，它同时更具灵活性和特异性。
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: leprosy_amg_network:单细胞和空间转录组学定义了人类麻风肉芽肿中抗菌React网络的细胞结构。单细胞和空间转录组学定义了人类麻风肉芽肿中抗菌React网络的细胞结构。概述肉芽肿是复杂的细胞结构，主要由巨噬细胞和淋巴细胞组成，其功能是遏制和杀死入侵的病原体。在这里，我们通过将单细胞和空间测序应用于...
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: profiling:对诸如puffin，视光，特蕾西和superluminal-perf等仪器化配置板条箱提供了非常薄的抽象友好警告：启动主机应用程序后，某些探查器后端会立即隐式侦听网络端口。如果这是一个问题，请查看已启用的探查器文档以了解详细信息！海雀跨平台不像其他的后端， puffin依赖于你的应用程序提供了一个imgui窗口...
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: 转录组状态扰动发生器_python_代码_下载 TSPG 是一种使用基因表达数据和对抗性学习来发现生物标志物基因的实验工具。基于 TSPG 的出版物：使用深度学习进行精准医学应用的细胞状态转换使用生成对抗网络的细胞状态转换（arXiv 预印本）更多详情、使用...
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: iDRW：使用定向随机游走的基于网络的多层路径活动推断它整合了多个基因组图谱，并使用基于途径的整合基因-基因图将它们转变为单个途径图谱。安装library( devtools )install_github( " sykim122/iDRW " )入门1.加载iDRW软件包library( iDRW ) 试试我们的样本数据（TCGA...
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: network-biology-study-group:UMD 网络生物学研究小组的笔记和代码网络生物学研究组概述该存储库包含每周在马里兰大学帕克分校开会的网络生物学研究小组的数据、笔记和代码。研究组涵盖了一系列来源的材料，参考文献将在使用它们的... 量化共表达、共调控和基因功能之间的关系 [KH]
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: 整合的转录组分析揭示了喉鳞状细胞癌中的miRNA-mRNA串扰使用深度测序技术从喉鳞状细胞癌（LSCC）患者获得全基因组microRNA（miRNA）和mRNA表达谱，并通过综合计算方法进行分析。大量蛋白质编码和非编码基因被检测到差异表达，表明LSCC细胞中的功能转换。总共检测到127...
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: matlab如何敲代码-scAI:用于单细胞多组学数据集成分析的无监督方法 scAI是一种无监督方法，用于对在同一单个细胞中测得的基因表达和染色质可及性或DNA甲基化产物进行综合分析。 scAI推断出一组生物学相关因素，可进行各种下游分析，包括细胞簇的鉴定，簇特异性标志物和调控关系。 ...
评级：0 浏览量：195 收藏量：0 资源大小：50.66MB 上传时间：2021-05-23

: matlab代码影响-CircadianBarley:与大麦昼夜调节网络推论相关的代码此文件夹包含用于运行来自基因表达时间序列数据的基因之间的系统识别并执行nu-gap分析（用于评估不同实验条件（突变）下模型的一致性）的代码。 “ main.m”功能提供了有关“如何”运行网络推断的示例。有关详细...
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: 论文研究-代谢网络结构与功能的Petri网分析.pdf 发展基因组尺度代谢网络模型的模拟和分析方法有助于学习这些网络的结构与功能关系，是当前计算系统生物学领域的一个重要研究主题。由于具备严格的数学描述，直观的图形表达，外加存在众多的算法和工具，Petri网可能...
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: matlab集成c代码-PeerJ_Submission:遗传调控网络的非线性逆向工程方法的代码提交多能祖细胞谱系指定过程中基因表达和全基因组转录因子结合的动态分析。干细胞，13（6）：754–768。我们的书面程序是基于王俊柏在之前的论文（Wang，J.，Wu，Q.，Hu，XT，and Tian，T.（2016））中编写的程序。基因...
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