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PPIXpress:转录本表达中的特定蛋白质相互作用网络-开源
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2021-04-29
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尽管蛋白质间相互作用网络是现代系统生物学中普遍存在的组成部分,但为将其拓扑结构调整为研究中的实际细胞条件所做的努力相对较少。 由于将网络简化为表达基因的子集仅会刮擦高等生物的调控能力,因此我们提出了先进的方法PPIXpress,该方法可利用转录本水平的表达数据,从而能够揭示基因组中的变化。选择性剪接引起的蛋白质连接性。 原始出版物可在https://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/4/571上找到。
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PPIXpress_1.23.zip (27个子文件)
PPIXpress_1.23
PPIXpress_GUI.bat 34B
PPIXpress.jar 2.59MB
PPIXpress_GUI.jar 2.59MB
.DS_Store 6KB
src
standalone_tools
PPIXpress.java 18KB
PPIXpress_GUI.java 37KB
data
IDDI_1.0_90.txt.gz 296KB
package-info.java 77B
iPfam_1.0_homodomain_interaction.csv.gz 34KB
DOMINE_2.0_HC.txt.gz 45KB
iPfam_1.0_heterodomain_interaction.csv.gz 59KB
.DS_Store 6KB
framework
NetworkBuilder.java 42KB
ConstructedNetworks.java 6KB
Utilities.java 19KB
TranscriptAbundanceReader.java 32KB
StrPair.java 993B
DDIN.java 6KB
PPIN.java 29KB
DataQuery.java 97KB
GPL_V3_licence.txt 34KB
user_guide.pdf 123KB
PPIXpress_GUI.sh 44B
example_data
brain.fpkm_tracking.gz 7.19MB
human_ppin.sif.gz 1.07MB
BRCA_tumor.normalized_RSEM.gz 470KB
mouse_brain.gtf.gz 3.03MB
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