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matlab代码影响-SINGE:从伪颞单细胞基因表达数据重建基因调控网络
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2021-05-22
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matlab代码影响使用Granger集成(SINGE)的网络的单细胞推理 从伪时态单细胞基因表达数据重建基因调控网络。 SINGE算法的独立MATLAB实现。 该代码已在Linux上的MATLAB R2014b和R2018a,macOS上的MATLAB R2020a和Windows上的MATLAB R2018a上进行了测试。 该软件以前称为SCINGE,现已更名为SINGE 。 引文 如果您使用SINGE软件,请引用: 阿图尔·德什潘德(Atul Deshpande),朱立芳,罗恩·斯图尔特(Ron Stewart),安东尼·吉特(Anthony Gitter)。 。 bioRxiv 2019. doi:10.1101 / 534834 资料库包含与此脚本相关的其他脚本,分析和结果。 依存关系 依赖关系取决于SINGE的运行方式。 每种模式的设置说明如下。 执行方式 完整的SINGE管道运行多个通用Lasso Granger(GLG)测试,以针对数据的不同超参数和子样本推断出不同的有向网络。 然后将这些有向网络汇总为最终的预测网络。 对于中小型数据集和相对较少的超参数组合,可以在“独
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SINGE-master.zip (94个子文件)
SINGE-master
readme_SINGE_GLG_Test.txt 3KB
.gitignore 306B
readme_SINGE_GLG_Test_mac.txt 4KB
README.md 12KB
data1
README.md 775B
X_SCODE_data.mat 254KB
X_BranchTest.mat 262KB
gene_list.mat 798B
USAGE.md 5KB
code
dropZeroSamples.m 416B
SINGE_Aggregate.m 2KB
iLasso_for_SINGE.m 4KB
SINGE.m 933B
normalizePseudotime.m 167B
Modified_Borda_Aggregation.m 8KB
SINGE_GLG_Test.m 3KB
dropSamples.m 780B
adjmatrix2edgelist.m 695B
run_iLasso_row.m 720B
parseParams.m 4KB
NEWS.md 4KB
.github
workflows
install-test.yml 4KB
readme_SINGE_Aggregate_mac.txt 4KB
tests
example_hyperparameters.txt 640B
README.md 2KB
standalone_branching_test.sh 1007B
reference
latest
AdjMatrix_data1_X_SCODE_datapmat_ID_542_lambda_0p01_replicate_1.mat 37KB
AdjMatrix_data1_X_SCODE_datapmat_ID_541_lambda_0p01_replicate_2.mat 44KB
AdjMatrix_data1_X_SCODE_datapmat_ID_542_lambda_0p01_replicate_2.mat 38KB
SINGE_Ranked_Edge_List.txt 37KB
SINGE_Gene_Influence.txt 1KB
AdjMatrix_data1_X_SCODE_datapmat_ID_541_lambda_0p01_replicate_1.mat 45KB
branching
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_541p3_lambda_0p01_replicate_2.mat 45KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_542p2_lambda_0p01_replicate_2.mat 39KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_542p2_lambda_0p01_replicate_1.mat 39KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_542p3_lambda_0p01_replicate_1.mat 38KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_541p3_lambda_0p01_replicate_1.mat 46KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_542p1_lambda_0p01_replicate_1.mat 40KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_541p1_lambda_0p01_replicate_1.mat 38KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_541p2_lambda_0p01_replicate_2.mat 38KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_541p2_lambda_0p01_replicate_1.mat 38KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_541p1_lambda_0p01_replicate_2.mat 46KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_542p3_lambda_0p01_replicate_2.mat 38KB
AdjMatrix_data1_X_BranchTestpmat_ID_542p1_lambda_0p01_replicate_2.mat 40KB
original
AdjMatrix_data1_X_SCODE_datapmat_ID_542_lambda_0p01_replicate_1.mat 37KB
AdjMatrix_data1_X_SCODE_datapmat_ID_541_lambda_0p01_replicate_2.mat 44KB
AdjMatrix_data1_X_SCODE_datapmat_ID_542_lambda_0p01_replicate_2.mat 37KB
SINGE_Ranked_Edge_List.txt 37KB
SINGE_Gene_Influence.txt 1KB
AdjMatrix_data1_X_SCODE_datapmat_ID_541_lambda_0p01_replicate_1.mat 44KB
compare_adj_matrices.py 3KB
environment.yml 133B
compare_example_output.sh 2KB
compare_branching_output.sh 2KB
high_throughput_test.sh 1KB
readme_SINGE_Test.txt 3KB
docker_test.sh 1KB
run_SINGE_Test.sh 878B
SINGE_Test.m 504B
standalone_test.sh 666B
LICENSE 1KB
.dockerignore 86B
readme_SINGE_Aggregate.txt 3KB
SINGE_Example.m 448B
docker
Dockerfile 2KB
README.md 1KB
data3
README.md 1KB
X_BMTF.mat 3.34MB
Embeddr_Trajectory.png 1.62MB
gene_list.mat 22KB
default_hyperparameters.txt 34KB
scripts
README.md 919B
probzeroremoval.txt 2B
probremovesample.txt 4B
time.txt 22B
lambda.txt 21B
kernel.txt 9B
generate_hyperparameters.sh 890B
compile_SINGE.sh 2KB
data2
README.md 588B
X_DiffGenesAllCells.mat 1010KB
gene_list.mat 4KB
.travis.yml 3KB
run_SINGE_Aggregate_mac.sh 867B
run_SINGE_GLG_Test_mac.sh 865B
run_SINGE_Aggregate.sh 883B
run_SINGE_GLG_Test.sh 882B
SINGE.sh 3KB
compile_SINGE_mac.sh 903B
data_bifurcated
get_bifurcated_data_files
figure-gfm
unnamed-chunk-1-1.png 78KB
README.md 4KB
gene_list.mat 15KB
X_data_bifurcated.mat 4.29MB
README.Rmd 2KB
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