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TENET:TENET是从伪时间排序的单细胞转录组数据重建基因调控网络的工具
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电信网 从伪时间有序单细胞转录组数据重建基于转移熵的因果基因网络的工具 引文 核酸研究,gkaa1014, //doi.org/10.1093/nar/gkaa1014 相依性 python3 openmpi (>4.0) JPype 1.使用csv文件中的表达式数据运行TENET,并在文本文件中运行伪时间结果 用法 ./TENET [expression_file_name] [number_of_threads] [trajectory_file_name] [cell_select_file_name] [history_length] 例子 ./TENET expression_data.csv 10 trajectory.txt cell_select.txt 1 输入 (1)expression_file(建议原始计数)-一个csv文件,在行中具有N个单元格,在列中具有M个基
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TENET-master.zip (33个子文件)
TENET-master
makeGRN4TFsameNumberOfLinks.py 785B
makeGRNsameNumberOfLinks.py 913B
runTE.py 3KB
PrePBSScript 909B
PreProcessScriptTF.py 1KB
TENET4PAGAhdf5 2KB
cell_select.txt 4KB
makeGRNbyTF.py 1KB
TENETsinglecore 4KB
GO_symbol_human_regulation_of_transcription+sequence-specific_DNA_binding_list.txt 6KB
trajectory.txt 28KB
makeGRN4TF.py 959B
runTE_TF.py 3KB
TENET_TF 2KB
Data.Tuck
Tuck_PAGA510genes.h5ad 1.34MB
Tuck_PAGA3281genes.h5ad 6.83MB
makeGRN.py 1KB
PreProcessScript.py 1KB
README.md 5KB
makeGRNbyTFsameNumberOfLinks.py 1KB
runTEpbsV2.py 3KB
GO_symbol_mouse_regulation_of_transcription+sequence-specific_DNA_binding_list.txt 6KB
hdf5_to_csv.py 695B
PostPBSScript 46B
countOutdegree.py 604B
GO_symbol_rat_regulation_of_transcription+sequence-specific_DNA_binding_list.txt 6KB
expression_data.csv 107KB
SubJobPBS.sh 2KB
trim_indirect.py 1KB
makeTEasMatrix.py 863B
infodynamics.jar 579KB
TENET 2KB
TENET4PBS 2KB
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LiuTitanium
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