# PythonProject_DataPrep
Python for preparing TCGA data for analysis.
Summary:
combineMeth.py and combineExpr.py can be used to combine expression and methylation data downloaded from TCGA. Simply run the code in a directory containing all of the TCGA data in a separate folder called "data" (as written in the code). If you have a folder of a different name or you are not placing all the data in separate folder then you can change this accordingly in the code.
Notes:
If you get the following error: "AttributeError: NoneType object has no attribute group", there is most likely an issue with the regular expression match because of differing TCGA data.
没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
PythonProject_DataPrep:用于准备 TCGA 数据进行分析的 Python
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2021-06-13
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PythonProject_DataPrep 用于准备 TCGA 数据以进行分析的 Python。 概括: combineMeth.py 和 combineExpr.py 可用于组合从 TCGA 下载的表达和甲基化数据。 只需在名为“data”(如代码中所写)的单独文件夹中包含所有 TCGA 数据的目录中运行代码。 如果您有一个不同名称的文件夹,或者您没有将所有数据放在单独的文件夹中,那么您可以在代码中进行相应的更改。 笔记: 如果您收到以下错误:“AttributeError: NoneType object has no attribute group”,则很可能是由于 TCGA 数据不同,正则表达式匹配存在问题。
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PythonProject_DataPrep-master.zip (6个子文件)
PythonProject_DataPrep-master
.gitignore 15B
combineNormMeth.py 1KB
combineMeth.py 1KB
README.md 666B
combineExpr.py 1KB
overlapTCGA.py 2KB
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