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dce:寻找生物途径中的因果关系
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2021-03-27
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dce 计算对(生物)网络的不同因果影响。 安装 从Bioconductor安装最新的稳定版本: BiocManager :: install( " dce " ) 从GitHub安装最新的开发版本: remotes :: install_github( " cbg-ethz/dce " ) 项目结构 . :R包 inst/scripts/ :Snakemake工作流程,用于出版物中的所有调查 crispr_benchmark :实际数据验证 ovarian_cancer :卵巢癌如何失调通路? synthetic_benchmark :综合数据验证 tcga_pipeline :计算来自TCGA的数据加载的效果 发展须知 在本地检查包裹: Rscript -e "lintr::lint_package()" Rscript -e "devtools::test()" Rs
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dce:寻找生物途径中的因果关系 (109个子文件)
bibliography.bib 1KB
CITATION 104B
covariates.csv 14KB
hsa04210.csv 4KB
hsa04350.csv 3KB
params.csv 54B
DESCRIPTION 2KB
.gitignore 149B
ProcessTCGAData.ipynb 4KB
RetrieveCovariates.ipynb 2KB
.lintr 109B
L1GeneralCompositeGradientAccelerated.m 2KB
test_differential_graph.m 720B
LogisticLoss.m 674B
myProcessOptions.m 674B
differential_graph.m 505B
README.md 2KB
README.md 1KB
README.md 528B
README.md 400B
README.md 278B
NEWS.md 71B
NAMESPACE 2KB
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drug_discovery.py 2KB
compare_performance.py 1KB
execute_causaldag.py 847B
plot_performance.py 826B
.python-black 46B
main.R 22KB
solver_glm.R 18KB
utils.R 17KB
models.R 11KB
main.R 11KB
plotting.R 8KB
plotting.R 8KB
solver_mle.R 7KB
compute_dces.R 6KB
test-dce.R 5KB
graph_utils.R 5KB
data_simulation.R 5KB
performance_measures.R 5KB
pathway_databases.R 4KB
analyze_single_perturbed_gene.R 4KB
kegg_download.R 3KB
pathway_statistics.R 3KB
test-ideas.R 3KB
FastGGM.R 3KB
helper_functions.R 3KB
reconstruction.R 2KB
sub.R 2KB
analysis.R 2KB
test-deconfounding.R 2KB
compute_dce.R 2KB
test-graph_utils.R 2KB
visualize.R 1KB
aggregated_statistics.R 1KB
LDGM.R 838B
tcga_download.R 805B
retrieve_pathways.R 715B
summarize_results.R 477B
test-simulation.R 451B
data.R 412B
test-plotting.R 284B
testthat.R 86B
.Rbuildignore 193B
dce-methods.Rd 3KB
dce_nb.Rd 2KB
simulate_data-methods.Rd 2KB
plot_network.Rd 1KB
estimate_latent_count.Rd 1KB
g2dag.Rd 915B
resample_edge_weights.Rd 849B
get_pathways.Rd 830B
create_random_DAG.Rd 754B
permutation_test.Rd 750B
get_pathway_info.Rd 748B
trueEffects.Rd 743B
as.data.frame.dce.Rd 691B
plot.dce.Rd 637B
pcor.Rd 623B
df_pathway_statistics.Rd 589B
topologically_ordering.Rd 527B
get_prediction_counts.Rd 515B
propagate_gene_edges.Rd 482B
graph_union.Rd 419B
as_adjmat.Rd 393B
graph2df.Rd 378B
summary.rlm_dce.Rd 337B
rlm_dce.Rd 245B
df_pathway_statistics.rda 17KB
pathways.rds 393KB
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run_cluster.sh 169B
run_benchmark.sh 135B
Snakefile 8KB
Snakefile 3KB
Snakefile 2KB
.snakefmt.toml 46B
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