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matlab如何敲代码-TCGA_RNASeq_Clinical:TCGA_RNASeq_Clinical
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2021-05-23
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matlab如何敲代码该存储库包含用于处理RNA-Seq FASTQ文件的代码以及The Cancer Genome Atlas的临床数据。 此外,我们在手稿中加入了用于分析数据的代码,“癌症基因组图谱中RNA测序数据的另一种预处理可以改善分析结果”(Rahman,Mumtahena等人, Bioinformatics 。 该存储库是做什么用的? 我们使用“ Rsubread” R软件包在9264个肿瘤和741个正常TCGA RNA-Seq样本的基因水平上比对和总结了读数。 我们在此处提供的R脚本也可以用于处理非TCGA的样本。 我们还包括了将这些肿瘤的可用临床数据汇编成矩阵格式,并将临床ID与RNA-Seq ID进行匹配的代码。 我们提供了代码和各种中间数据文件,这些文件和代码是我们执行手稿中描述的分析时生成的。 如何标准化原始RNA-Seq数据和处理来自TCGA的临床数据 该管道设计为在基于Unix的系统上执行。 大多数代码是用R编程语言编写的。 但这也需要在命令行执行“ bash”脚本。 安装。 我们使用版本3.1.0。 安装以下R软件包,可以使用R中的install.packa
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TCGA_RNASeq_Clinical-master.zip (92个子文件)
TCGA_RNASeq_Clinical-master
.gitignore 342B
TCGA_CancerType_Abbreviations.txt 1KB
Analysis
TCGA_24_manuscript_analysis.html 6.12MB
TCGA_24_manuscript_analysis.Rmd 47KB
LICENSE 1KB
TCGA_CancerType_Publishable.txt 114B
README.md 6KB
Scripts
process_tcga_rsubread 815B
normalize_tcga_rsubread 2KB
LUSC_LUAD_discordant_analysis 2KB
summarize_tcga_rsubread 1KB
process_tcga_level_3 6KB
Codes
TransposeData.py 291B
Split.py 524B
numZero.R 795B
biological_rep.R 18KB
CalcAccuracy.R 345B
utilities.py 21KB
CombineScalarValues.py 291B
BuildMatrixFile.py 940B
ProcessRnaSeqFeatureCounts.R 2KB
IdentifyInconsistentPredictions.R 860B
IdentifyDiscordantPredictions.R 698B
CalcAUC.R 1KB
PrintMatrixDimensions.py 281B
Classify_luad_vs_lusc.R 3KB
ParseSampleTypes.py 158B
LUSC_vs_LUAD.R 6KB
PeekMatrix.py 299B
ProcessClinicalData.R 2KB
PlotDiscordant.R 2KB
ParseCgHubQueryResults.py 2KB
FileContainsText.py 176B
GetFileExtension.py 94B
Analysis_datasets
5_01_predictions_raw
rsem
signature.cdt 49KB
signature_s.cdt 42KB
signature.png 40KB
predictions.png 175KB
REPORT.html 3KB
tpmlog_no
signature.cdt 49KB
signature_s.cdt 42KB
signature.png 41KB
predictions.png 167KB
REPORT.html 3KB
fpkmlog_no
signature.cdt 49KB
signature_s.cdt 42KB
signature.png 41KB
predictions.png 82KB
REPORT.html 3KB
rsem_no
signature.cdt 49KB
signature_s.cdt 42KB
signature.png 40KB
predictions.png 175KB
REPORT.html 3KB
GFP18_HER2_TCGA_Pipeline_Expected_Gene_Counts.txt 2.2MB
TCGA20_clinical_data_ordered_all_clinical_variables_samples_as_columns.txt 13.49MB
PANCAN12_19583_by_3380_numZeroes.txt 119KB
rsubread_10_14.txt 52KB
GFP18_HER2_Rsubread_TPM.txt 5.05MB
.RData 2.99MB
Rsem_10_14.txt 45KB
.Rhistory 33KB
GFP18_HER2_Rsubread_FPKM.txt 5.1MB
PANCAN20_19583_by_3380_numZeroes.txt 119KB
Classification_20_LUAD_LUSC_Predictions.txt 27KB
Classification_12_LUAD_LUSC_Predictions.txt 28KB
GFP18_HER2_Rsubread_geneCounts.txt 1.36MB
10_14_predictions_raw
RSEM_q_log_200_f
model.txt 3KB
parameters.txt 277B
probabilities.txt 120KB
signature.cdt 55KB
signature_s.cdt 49KB
signature.png 46KB
predictions.png 125KB
REPORT.html 3KB
TPM_q_log_200_f
model.txt 3KB
parameters.txt 277B
probabilities.txt 110KB
signature.cdt 55KB
signature_s.cdt 44KB
signature.png 51KB
predictions.png 133KB
REPORT.html 3KB
fpkm_q_log_200_f
model.txt 3KB
parameters.txt 277B
probabilities.txt 110KB
signature.cdt 55KB
signature_s.cdt 44KB
signature.png 51KB
predictions.png 126KB
REPORT.html 3KB
GFP18_HER2_TCGA_Pipeline_Normalized_Genes_Results.txt 2.91MB
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