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matlab滑动条代码-tcga_tmb_prediction:徐鸿明TCGABLCA吨位预测
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matlab滑动条码tcga_tmb_prediction 深度学习方法可预测肿瘤突变负担(TMB)并从整个幻灯片图像描绘其空间异质性。 主要作者:徐红明,CCF,2019 电子邮件:或 代码: -Matlab:图像分析和分类的主要部分 -Python:使用预先训练的模型来提取肿瘤图块特征 -R:绘制KM生存曲线 要求: -病理幻灯片:您需要从tcga数据门户获取tcga_blca .svs病理幻灯片(免费下载),或者可以从hwang_lab共享磁盘访问它们(适用于hwang实验室成员) -matlab工具箱:您需要下载matlab openslide工具箱(免费在线) -python工具箱:您需要安装tensorflow + keras(免费在线) 简单的例子: -您可以通过在example_tmb_prediction文件夹中运行代码来获得我们研究的基本思想 不同文件夹的说明: -step00:包含将患者分为低,中和高TMB组的代码。 它用作预处理,您无需运行此文件夹即可重复我们的研究 -step01:为简单起见,我们训练了一个svm分类器来检测肿瘤区域(在示例中使用)。 您也可以
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matlab滑动条代码-tcga_tmb_prediction:徐鸿明TCGABLCA吨位预测 (2202个子文件)
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COPYING 25KB
COPYING 2KB
COPYING 2KB
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