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管道GBS:Snakemake GBS管道
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2021-02-28
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管道GBS 基于GBS-SNP-Crop的snakemake管道得到进一步扩展。 配置 管道参数配置在文件中进行 GBS-pipeline_config.yaml (这里有一个示例: GBS-pipeline_config-example.yaml ) 此外,此处定义了对计算集群重要的设置: GBS-pipeline_server-config.yaml (例如: GBS-pipeline_puhti-config.yaml ) 启动管道 在开始管道之前,请确保已创建此文件中定义的相应的conda环境。 GBS.yaml 创建环境后,就可以开始使用了。 要启动管道,只需键入 bash runGBSPipeline-example.sh 您可以通过运行启动空运行 bash runGBSPipeline-example.sh -np 当前状态 该管道目前正在积极开发中,可能无法
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Pipeline-GBS-main.zip (46个子文件)
Pipeline-GBS-main
makeClean.sh 156B
GBS-pipeline_server-config.yaml 7KB
CHANGELOG 1KB
GBS-pipeline.smk 7KB
GBS.yaml 420B
GBS-pipeline_config.yaml 6KB
schemas
config.schemas.yaml 2KB
adapter.fa 28B
Pipeline-GBS.Rproj 205B
rules
Module2-DataPreprocessing 5KB
Module5-CallVariants 21KB
Module4-ReadAlignment 12KB
Module1-QC 10KB
Module6-PostProcessing 5KB
envs
cutadapt.yaml 69B
samtools.yaml 68B
picard.yaml 67B
star.yaml 63B
step3.yaml 114B
Rreport.yaml 84B
minimap2.yaml 69B
gbs.yaml 309B
Module3-MockReference 9KB
Module7-Reporting 2KB
Module0-PreparationsAndIndexing 5KB
.gitignore 40B
runGBSPipeline-example.sh 3KB
README.md 864B
scripts
sampleFastq.sh 1KB
GBS-SNP-CROP-7.pl 26KB
GBS-SNP-CROP-6_1.pl 6KB
mpileupToBed.sh 153B
workflow-report.Rmd 51KB
GBS-SNP-CROP-4.pl 16KB
GBS-SNP-CROP-6_2.pl 4KB
getQualDist.sh 107B
ADDTHISLATER.sh 794B
GBS-SNP-CROP-9.pl 7KB
GBS-SNP-CROP-8.pl 13KB
samtoolsBedcovToCov.sh 62B
getFastaFromVCF.sh 252B
GBS-SNP-CROP-6.pl 14KB
unused
GBS-SNP-CROP-3.pl 6KB
GBS-SNP-CROP-1.pl 19KB
GBS-SNP-CROP-2.pl 6KB
GBS-SNP-CROP-5.pl 8KB
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