scATAC_snakemake:用于板scATAC-seq处理的Snakemake管道资源-CSDN文库

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csv：3个

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package

scATAC_snakemake-master.zip （33个子文件）

folder

scATAC_snakemake-master

folder

scripts

get_ufrags_mt.sh 731B

get_frac_open.sh 504B

generate_fragments_file.sh 309B

get_depth_mr.sh 564B

list_bam.sh 248B

collect_metadata.py 222B

get_dup_level.sh 313B

get_frip.sh 486B

generate_count_csc_mtx.py 1KB

get_lib_size.sh 325B

submit_snake.sh 165B

cluster.json 236B

folder

old_obsolete

ATAC_seq_read_length_curve_fitting.ipynb 235KB

Snakefile_basespace 4KB

cluster.json 854B

run.sh 158B

Th2_time_series_ATACseq_2d_PCA.ipynb 35KB

README.md 113B

frag_distr.py 1KB

Snakefile_ena 2KB

config.json 488B

README.md 10KB

Snakefile 12KB

.gitignore 42B

folder

compare_to_10x

10x_NextGEM_20210115_seurat_v2.nb.html 790KB

10x_v1_20210115_seurat_v2.nb.html 790KB

README.md 3KB

folder

plate_downsample

folder

outs

sample_info.csv 69KB

folder

10x_v1

folder

outs

sample_info.csv 32KB

index.txt 10KB

plate_ds_20210118_seurat.nb.html 793KB

folder

10x_NextGEM

folder

outs

sample_info.csv 39KB

index.txt 12KB

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