论文研究 - 推断结构化宿主人群的多类型出生死亡参数及其在非洲艾滋病毒流行中的应用

非洲人类免疫缺陷病毒（HIV）的动态纯粹是针对被感染个体的DNA序列稀疏采样。 有些子群体比一般人群面临更大的风险。 这些亚组具有较高的感染率。 我们提出了一种多类型出生-死亡过程的可能性推断模型，该模型可用于推断非洲环境中的HIV流行情况。 我们采用似然推断，其中包含了从模型中的传染库中删除的可能性。 我们已经模拟了树木，并在模拟的树木上进行了参数推断，还研究了模型是否区分异构动力学和均质动力学。 该模型做出了很好的参数推断。 它很好地区分了异构动力学和均质动力学。 在稀疏采样情况下也执行参数估计。 我们使用衡量树木平衡和失衡的树木统计数据，调查了从结构化种群获得的树木是否比从非结构化宿主种群获得的树木更加平衡。 基于Colless和Sackin指数，非结构化种群的树木更加平衡。