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tif转rawmatlab代码-SLNet_XLFMNet:通过稀疏驱动学习解卷积的实时光场3D显微术
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2021-06-07
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tif 转raw matlab代码 通过稀疏驱动学习解卷积的实时光场 3D 显微术 关于 该存储库包含来自我们的 SLNet+XLFMNet 的代码。 SLNeet 从 3 个荧光显微镜图像的时间堆栈中计算,这是一个时间和空间稀疏表示,允许提取活体动物的神经活动,并摆脱背景。 这是一个以无监督方式训练的网络,推理帧率为 40Hz。 XLFMNet 是一种 CNN,可从单个 XLFM 图像(或傅立叶光场显微镜)重建 3D 体积。 在我们的例子中,稀疏分解 + 3D 重建以 45Hz 运行,用于具有 2160x2160 像素的图像并重建具有 512x512*120 体素的体积。 要求 该存储库基于 Python 3.7.4 和 Pytorch 1.8,有关更多详细信息,请参阅 requirements.txt。 对于稀疏分解网络 (SLNet),您可以使用任何所需的显微镜图像,它会在您的样本中找到稀疏度。 要执行 3D 重建,您需要: matlab 格式 (.mat) 中的 3D 空间变体 PSF,尺寸为 [x,y,z]。 此 PSF 用于计算 GT,以便使用 Richardson Luc
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SLNet_XLFMNet-main.zip (17个子文件)
SLNet_XLFMNet-main
images
SLNet_XLFMNet.jpg 40KB
system.jpg 181KB
mainCreateDataset.py 22KB
nets
extra_nets.py 10KB
XLFMNet.py 3KB
SLNet.py 3KB
LICENSE 1KB
mainTrainXLFMNet.py 23KB
mainTrainSLNet.py 22KB
lenslet_coords.txt 265B
README.md 10KB
utils
XLFMDeconv.py 5KB
pytorch_shot_noise
noise_time.py 999B
__init__.py 2KB
misc_utils.py 15KB
XLFMDataset.py 14KB
mainReconstructSequence.py 12KB
共 17 条
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