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easySFS:有效选择人口规模投影以构建站点频谱。 将VCF转换为dadifastsimcoal样式SFS以进行人口统计分析
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2021-05-23
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easySFS TL; DR-easySFS是用于有效选择人口规模投影以构建站点频谱的工具。 它可以用于将VCF转换为dadi / fastsimcoal / momi2样式的SFS,以进行人口统计分析。 为什么需要这个? 站点频谱不能以连贯的方式构造在缺少值的数据矩阵上。 数据丢失是类似于RADSeq的数据集的显着特征,仅删除缺失的站点将彻底丢弃大部分数据。 一个人也可以估算缺失的值,有些人这样做,但是如果您有很多缺失的数据,则估算将是不可靠的。 向下投影方法是这两个极端之间的一种折衷。 您可以“投影”到较小的样本大小,并“平均”所有可能的重采样以构建完整的数据矩阵。 需要明确的是,我没有发明这种向下投影的策略,我相信Marth等人2004年在这里得到了赞誉,我只是制作了这个用于自动探索投影值的python程序。 选择投影值 关于如何选择投影值,Gutenkunst等人2009提供了
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easySFS-master.zip (9个子文件)
easySFS-master
easySFS.py 26KB
example_files
wcs_1200.vcf 654KB
wcs_pops.txt 5KB
README.md 8KB
.gitignore 28B
jupyter-notebooks
easySFS-dadi_sfs_conversion.ipynb 31KB
easySFS-simulate-data.ipynb 25KB
ipyrad_log.txt 0B
easySFS-momi-analysis.ipynb 67KB
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晔晔匠
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